这时最重要的军阀是黄斌卿。1645年，当隆武皇帝命他在杭州湾地区配合反攻行动时，他开始在浙江北部沿海的舟山岛上建立一个独立的基地。后来，他只在对他有利的前提下与其他明水师将领合作。不久，他就以更爱跟自己的同胞而不是跟
清军打仗出了名，但由于他的战略位置，这种态度被容忍了。
两件亲身经历的事似乎巩固了黄斌卿对基地的选择，即优先考虑海上基地而不是大陆基地。第一件事，1647年春，清松江总兵吴胜兆准备反正，黄斌卿参加了从外面去支援的尝试。但是，支援的舰队被台风吹散，后来当它到达长江口时，被清
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军防守部队歼灭了不少人。吴胜兆军队中的爱国志士拒绝因此而放弃他们的计划，在5月24日企图举事，但没有成功。许多文武官员在这次事件后被处死。清当局于是决心制服湖“匪”、苏松军人中的叛逆和沿海的忠于鲁王分子这个煽动叛乱的渊
薮。
第二件事，黄斌卿被说服带领一支水师去宁波，那里的爱国志士计划起义，把这个府从清的控制下夺过来。但密谋者被出卖，起义没有发生。接着又有许多人被捕和处死。在这两件事以后，黄斌卿再也不参与对大陆的进攻。他甚至更不愿意让
监国鲁王在舟山建立朝廷。
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