郑芝龙不能说服他家族中最重要的战斗成员跟他一起降清。在他被带往北京后一个时期内，郑家在安平(靠近厦门)的老家没有受到清军的袭击。这种大度当然是清廷策略的一部分。但是，清廷以为只要郑芝龙活着并对他们有好感，他们就可以
不用一兵一卒而得到郑家其他人的支持。因此，郑氏得以保持对福建南部沿海地区的控制，并在厦门和金门岛上建立基地。接替郑芝龙的主要人选是他的弟弟郑鸿逵、他的族人郑彩和他22岁的儿子郑成功。 郑成功象征性地奉隆武正朔，并在时机
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到来时改用永历年号;他从不承认鲁王的监国地位。由于几乎没有自己的军队，他开始积蓄进攻泉州和漳州所必须的经验和他所需要的人员。
在拒绝承认监国鲁王上，郑成功是个别的。重新集合在鲁王旗帜下的人，大约有一半属于从前的隆武朝廷，他们差不多全是从浙江、福建乘船来的，此外，南直隶来的约占一半。现在在东南沿海形成的明朝抗清力量的党派之分，不是先前鲁王
派与隆武派对抗的继续，而是监国鲁王的新政权与变化中的郑氏集团之间的党派之分，后者最后被郑成功控制。
郑彩比较矛盾。他似乎希望有机会仿效早先郑芝龙充当隆武皇帝的保护者的角色，成为监国鲁王的下一个主宰者和供养者。1646年12月，他驶船到舟山地区，把鲁王接回厦门。郑彩与郑成功的对立，使后者更有理由不理监国鲁王，但郑成功由
于还无力对郑彩采取敌对行动，遂不作任何要把鲁王从郑氏基地赶走的尝试。
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福建阶段
