1647年从春到秋，支持鲁王的军队进攻漳州府(在福建最南边)和福州府的清阵地，包括省治在内。进行这些进攻的，是郑彩与其他早先曾在鲁王和隆武政权下任职的水师将领。到9月初，为了更直接地鼓舞对福州的进攻，监国鲁王已从厦门岛北
移至长垣岛。从这时起到鲁王政权实际结束止，鲁王军队活动在从福州向东北到浙江一带，郑成功的军队活动在从泉州向西南到广东一带。这种划分不是正式商定的，而是情况使然。
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11月，监国鲁王开始在长垣岛重建一个正式朝廷，任命了许多大臣，他们中有的来自前绍兴朝廷，有的来自前福州朝廷。两个阵营的官员在一起工作得很融洽，当收复了福建东北部的几个地区时，精神都很振奋。福建山地的义军对鲁王在沿海
的进攻作出的反应也是令人鼓舞的。1647年的秋冬两季，福建中部山区到处都有明藩王和当地义军领导的暴动。第一次这样的暴动甚至威胁到清军对他们的山区重镇浦城的控制。不久，福建中北部的几乎每一个地区都起来反抗。尽管清军设法保住
或夺回一些要害地点，但对这个地区的征剿一直持续到1651年。
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这次在福建对清军的挑战，并非一切都始终顺利。最带来损害的，是郑彩与监国鲁王的某些其他支持者之间产生了不和。郑彩是个军人，他想把持朝政的企图看来引起对他极大的不满。但除去这个问题，鲁王政权也缺乏足够的人力与内地的义
军联合行动。再有，在这里如同在别处一样，清军更擅长陆战，在战术上比明军有更大的灵活性。
