1922年8月，孙中山在陈炯明叛变和北伐军讨陈失利后，离粤去沪。10月上旬，川军总司令兼省长刘成勋派代表到沪晋见孙中山。孙中山命戴季陶入川，与川军进行联络工作。这时戴季陶在遭受了一些公务私事上的挫折之后，心灰意冷，在途中得悉川军各派正在酝酿战争的传闻，精神更加颓丧。当所乘之船驶向宜昌途中，他突然趁夜黑跳江自杀，幸赖渔夫救起未死。从此他便信仰佛教。11月18日到渝就职。但由于军阀混战不休，他在四川期间工作没有什么成效。
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1923年12月上旬，戴季陶从四川回到上海。当他得悉孙中山已决定容纳共产党人加入国民党时，他表示反对，他向廖仲恺提出：“共产党人加入，必须造成单纯党籍，不能留两党籍。”有一次他写信给廖又说：“叫共产党参加进来，只能把他们当做酱油或醋，不能把他们做为正菜的。”1924年1月，孙中山在广州主持召开有共产党人参加的国民党第一次全国代表大会，戴季陶出席了会议，被选为中央宣传部长，并负责筹建中央通讯社;2月又兼任筹建中的黄埔军校政治部长等职。但他对孙中山的三大政策十分不满，曾三次离粤返沪。孙中山在北京病危时，他去了北京，1925年3月11日，孙中山在病榻上签署遗嘱时，他也在场。
1925年3月孙中山先生逝世后，国共合作形势发生了变化。国民党内新老右派开始四处活动，戴季陶是代表人物。六七月间，戴季陶接连写了《国民革命与中国国民党》和《孙文主义之哲学基础》等小册子，打着孙中山三民主义的旗号，反对孙中山联俄、联共、扶助农工的三大政策，歪曲和篡改三民主义的革命精神，形成了所谓戴季陶主义，为国民党右派蒋介石等人篡夺革命领导权提供理论根据。
