中国人民不会忘记他的抗战功绩
抗战胜利后，国民党军队改编，吉星文改任第七十七师的少将旅长。蒋介石发动全面内战后，吉星文于1947年10月进入南京孝陵卫陆军大学第八期学习。在南京街头，身材魁梧的吉星文仍时常被市民认出来，人们报以热烈的掌声，称他为“抗日名将”。1948年七七事变11周年之际，吉星文获邀来到南京中央大学大礼堂作报告，回忆当年空前惨烈的卢沟桥保卫战，控诉日寇的侵华战争罪行。
1948年4月结业后，吉星文奉命率部到山东沂蒙山区“戡乱”。淮海战役中，他的部队被解放军击溃，吉星文头部中弹负伤，被送下了战场。1949年，吉星文全家9人追随蒋介石去了台湾。
吉星文虽然在大陆与解放军的作战连连失败，但蒋介石在赴台后因急需一大批军事人才，他终于被蒋介石委以重任，先后出任第五十军军官战斗团团长、“澎湖防卫部队”副司令长官。
1957年，吉星文进入“国防大学”深造后，晋升为陆军中将，调赴金门，任“金门防卫部队”副司令长官，成为司令官胡涟的副手。1958年，为了支援中东人民进行反美斗争和摸清美台1954年签定的“共同防御条约”的真正底牌，毛泽东和中共中央做出了炮击金门的战略决策。1958年8月23日下午17时30分，随着一声令下，解放军459门大炮将成千上万发炮弹倾泻在大小金门岛上。
此时，胡涟为了给前来金门视察的台湾国民党“国防部长”俞大维接风洗尘，正准备在“金门防卫司令部”所在地太武山麓的翠谷水上餐厅举行一个盛大的晚宴。吉星文等4人先去餐厅查看，走到中途即遇到炮击，吉星文在逃往防空洞的途中被炮弹击成重伤。在被救回设在坑道内的战地医院后，军医立即为他做了手术，取出了身上的弹片。由于伤情比较稳定，医生认为他没有生命危险。不料，有一小块弹片尚未取出，3天后伤口感染恶化，吉星文终于不治身亡。
随后，胡涟派专机把吉星文的遗体运送到澎湖埋葬。当初，吉星文任“澎湖防卫部队”副司令长官时，澎湖公园军人公墓落成，他在主持祭墓时曾对另一位副司令开玩笑说：“我们当中，不知谁将先躺在这里？”孰料，还是他自己捷足先登了。
在“八二三”炮战中，与吉星文一起身亡的国民党高级将领还有两位副司令长官赵家骧和章杰。胡涟因为被俞大维叫住而没有先去水上餐厅，侥幸未被炸死。一年后，台湾国民党当局公布了他们的死讯：
“……在这次猝然炮战中，金门防卫司令部的3位副司令官，陆军中将吉星文、赵家骧和空军少将章杰，因襄助司令官部署防务，不辞辛劳奔走策划指挥作战，在某地因身先士卒不幸先后阵亡。”
与此同时，蒋介石明令对吉星文等人进行褒扬，并追授吉星文为陆军二级上将，入祀“忠烈祠”。
中国大陆人民也一直没有忘记吉星文打响全民族抗战第一枪的历史功绩，国家在卢沟桥畔修建了抗日战争纪念馆，吉星文的卢沟桥抗日事迹以醒目位置陈列其中。
吉星文去世后，其子嗣为一直没有机会到北京的芦沟桥凭吊先人的抗战事迹而遗憾。2007年7月纪念卢沟桥事变70周年前夕，吉星文的儿子吉民立接受中国人民抗日战争纪念馆的邀请，欣然偕同家人前来大陆参加7月7日在卢沟桥举办的抗战纪念活动，并出席了该馆的“吉星文特展”开幕典礼。
