毛泽东认为“支左”中“许多搞错了”、“支持不是左派而是右派”
然而，军队究竟站在哪一边，支持谁，抵制谁，却是个复杂的问题。在严重的派性斗争中，谁是“左派”就是一个极难判断的问题。这就使军队处于十分为难的境地。1967年1月22日，毛泽东接见参加军委碰头会扩大会议的高级将领。由于造反派冲击军事机关的事件仍在继续，接见时，许多高级将领对造反派的行为十分愤慨，情绪激昂。南京军区司令员许世友说：“戴高帽子，对地富反坏可以戴，对我们几十年的老干部这样做，我们想不通。我们犯了什么错误？”第二炮兵政委李天焕说：“我们现在根本不能工作，要求主席允许我们工作，有错误我们检讨。”毛泽东对他们说：“要支持造反派。他们人数少，也要坚决支持。”“我们的基本方针，要站在革命左派方面。过去不介入，其实是假的。”他也批评了造反派：“军队里对廖汉生、刘志坚、苏振华搞‘喷气式’，一斗就四五个小时，污辱人格，体罚，这个方式不文明。造反派造反有理嘛，搞‘喷气式’干什么？”“决不能过分，过分了就不得人心。”“犯了错误就一棍子打死，都不用，那还得了？哪个不犯错误？我也犯。”他又说：“对群众我们不能泼冷水，但要说服。”
1月23日，中共中央、国务院、中央军委、中央文革小组发出经毛泽东批示“照发”的《关于人民解放军坚决支持革命左派群众的决定》。《决定》重申了毛泽东的意见，指出：“问题不是介入不介入的问题，而是站在哪一边的问题，是支持革命派还是支持保守派甚至右派的问题。人民解放军应当积极支持革命左派。”
25日，《解放军报》发表社论《人民解放军坚决支持无产阶级革命派》，提出“不能折中，不能调和，不能中立……应该鲜明地、积极地支持无产阶级革命左派”，“对于那些破坏无产阶级文化大革命的现行反革命分子和反革命组织，必须进行坚决镇压，实行无产阶级专政”。从此，军队正式拉开了“支左”的帷幕。
这是毛泽东不得已作出的重大决定，与他最初的想法相比有了巨大的转变。1967年7月14日，他同杨成武、汪东兴、郑维山谈话时，不无感慨地说：“那个时候，党政都不行了，只有解放军出来，担负这个任务。”
其实，在对待所谓“左派”问题上，军队的干部和毛泽东的看法不尽相同。在毛泽东眼中，真正的“左派”应该是服从命令的造反派，按照中央或中央文革指示办事的人。对于广大指战员来说，真正的革命派即“左派”，绝不会是那些怀疑一切、打倒一切、成分复杂、动机可疑的所谓造反派。对那些出身好、根基正、对共产党和毛主席有深厚感情、人数占压倒性多数的群众组织，他们的心与之靠得很近，因此很自然地认为这便是需要支持的真正的革命派。
这种情况，毛泽东心中是清楚的，也是很不满意的。2月9日，他在一份文稿上批示：
关于支持真正左派广大群众问题，现在出现许多搞错了的事，支持不是左派而是右派，陷于被动。此事应写出几条指示。请速办。
另外，军队面临的最大问题是本身并不稳定。
1月24日，徐向前去找林彪，说到“军队许多高干被随便抓去，任意抄家，变相体罚，还有的自杀，有些机关已处于瘫痪状态，有的处于半瘫痪状态，此次来京开会的干部，心情都很紧张”。25日，他又写信给林彪说：“军队是无产阶级专政、无产阶级文化大革命支柱，一面要大力支援地方的真左派，一面又要进行内部的阶级斗争，因之必须要稳当点才好办事。否则，军队不易控制，指挥失灵，副作用即会更大多了。”
当天，林彪同徐向前、陈伯达、聂荣臻、叶剑英、杨成武共同商议后，拟出七条规定，送给毛泽东。规定中包括：军队一切人员必须坚守岗位，不得擅离职守；军队开展“文化大革命”的单位，应该严格区别两类矛盾，不允许用对待敌人的方法来处理人民内部矛盾，不允许无命令自由抓人，不允许任意抄家、封门，不允许体罚和变相体罚，例如，戴高帽、挂黑牌、游街、罚跪等；今后一律不许冲击军事领导机关；军队内的战备系统和保密系统，不准冲击，不准串联等。
毛泽东对这个规定十分重视，先后作了多次批示和修改：如提出“再加上一条关于管教干部子女的问题”；将第五条改写为“对于冲击军事领导机关问题，要分别对待，过去如果是反革命冲击了，要追究，如果是左派冲击了，可以不追究，今后则一律不许冲击”。28日，文件作为《中央军委命令》发布，因为增加了毛泽东提出的关于管教干部子女那一条，通常称为“军委八条”。这个文件对军队内部的混乱现象起到了明显的遏制作用。
3月19日，中央军委又作出《关于集中力量执行支左、支农、支工、军管、军训任务的决定》，首次将“三支两军”作为一个整体，向全军各部队提出。此后，以1月23日发布“支左”决议为起点，解放军“三支两军”便逐步在全国各地展开。
随后，解放军大批人员便投入到“三支两军”中去，并在全军师以上机关设立了“三支两军”指挥部，正式列入军队编制。
1972年8月，根据毛泽东的指示，人民解放军各级“三支两军”办公室撤销，人员陆续撤回原单位，“三支两军”遂告结束。
现在看来，人民解放军执行“三支两军”的任务，特别是军管和军训这两项措施，在那样混乱的局势下是必要的，对稳定局势起了积极作用。当时没有任何其他力量能够代替它。先后执行“三支两军”任务的解放军指战员，在极其困难复杂的局面下，做了大量工作，努力维护社会秩序、工作秩序、学习秩序和生活秩序，减少了工农业生产和人民生命财产的损失。但是，由于“文化大革命”的整个指导思想错了，“三支两军”工作是在局势极端混乱的情况下不得不采取的非常措施，实际上无法控制住整个动荡的局面；参加这项工作的指战员思想上又缺乏准备，不了解历史情况，缺乏地方工作经验，难以弄清究竟谁应该是“支左”的对象，甚至在军队内部也出现严重分歧；加上有林彪、江青集团的插手、干扰、破坏，因而在“三支两军”工作中也产生了许多缺点错误，带来消极后果。
