于是，毛泽东决定，将本来说得不十分严重的罗瑞卿，也放进了主要批判对象中。5月4日至26日，在刘少奇主持下，中央政治局在北京召开扩大会议，集中批判彭真、罗瑞卿、陆定一、杨尚昆。16日，会议通过经毛泽东多次修改的中共中央通知（以后被称为《五一六通知》），决定开展“文化大革命”。毛泽东在《通知》稿中特别加写了这样一段话：
混进党里、政府里、军队里和各种文化界的资产阶级代表人物，是一批反革命的修正主义分子，一旦时机成熟，他们就会要夺取政权，由无产阶级专政变为资产阶级专政。
“文化大革命”就是在毛泽东这种对军队既放心又不放心的状态下开展的。他放心大多数，而不放心上层的“一小撮”，既相信军队不会跟着“造反”，又不相信军队是“真空”和“一片净土”。
1966年7月19日，刘少奇主持召开中央政治局常委扩大会议，讨论工作组问题。8月4日，毛泽东召集中央政治局常委扩大会议，对在一线主持工作的中央领导人提出了更加尖锐的批评。在接着的讨论中，毛泽东的话越说越重。当刘少奇说到“我在北京，要负主要责任”时，毛泽东说：“你在北京专政嘛，专得好！”他又说：“讲客气一点，是方向性错误，实际上是站在资产阶级立场，反对无产阶级革命。为什么天天讲民主，民主来了，又那么怕？”刘少奇说：“无非是下台，不怕下台，有五条不怕。”当叶剑英讲到“我们有几百万军队，不怕什么牛鬼蛇神”时，毛泽东说：“牛鬼蛇神，在座的就有！”会议的气氛已十分紧张，军队高层领导也不知运动将向何处发展，自己的命运会如何。
一开始，毛泽东并不希望军队和公安来干扰“运动”
从1966年8月20日起，在“破四旧”的旗号下，北京、上海、天津等大中城市里都相当普遍地发生强迫抄家和侮辱人格、打人等践踏法制的野蛮行为。更令人痛心的是，一些被任意指责为“黑五类”的人员被打致死，更多的被强行遣送回乡。
运动中出现的这些极端行动，同毛泽东的初衷并不相符。但毛泽东仍认为红卫兵行动的主流是好的，认为他们的激烈行动对破除旧思想和旧秩序、打开一个新局面是需要的，出现某些偏差并不奇怪，有问题也只能适当引导或到以后再解决，决不能对他们泼冷水，更不能进行“压制”和“打击”。从这种指导思想出发，8月20日，毛泽东在林彪转送的反映有关“破四旧”行动的《文化大革命情况简报》上批道：“已阅，是大好事，彻底暴露牛鬼蛇神。”“不奇怪，这样可以打出一条路来，对群众有利。”21日，他在中央政治局常委扩大会上说：“提倡文斗，不要武斗，这是今天要谈的第一个问题。”在插话中又说：“北京就成了流氓世界了？不可能嘛！好人总是多数，坏人总是少数，怎么就成流氓世界？”“总之，我们不干涉，乱它几个月。我们坚决相信多数人是好人，坏人只占百分之几。”对西安等地红卫兵提出要罢一些官的问题，他说：“我们不好答应，情况不清楚。”经他批准，解放军总参谋部和总政治部在21日发出《关于绝对不许动用部队武装镇压革命学生运动的规定》，中共中央又在22日转发公安部《关于严禁出动警察镇压革命学生运动的规定》。这样，红卫兵走出学校、走向社会“破四旧”的烈火不但没有得到遏制，反而越烧越旺。
1966年10月1日，北京天安门广场举行了百万人参加的隆重集会和游行，庆祝国庆。当天晚上，毛泽东在天安门城楼上同澳大利亚共产党领导人希尔观看烟火时，指着广场上的学生说：“帝国主义和修正主义就是怕这些学生，我们有些干部也是怕他们。”他又说：“你不要以为我们的环境那么好。我们有些干部不想革命了，中央委员也有，政治局委员也有，省委书记、地委书记、县委书记都有。他们就是怕。他们要调动军队来对付这些学生。解放军他们是调动不了的，他们就调动工人、农民来跟学生作对。”
为了从“大乱”达到“大治”，毛泽东默许军队“惹火烧身”
“文化大革命”爆发后，军委和各级军队领导，心情一直处于紧张和矛盾之中。他们虽然从一开始就感到运动来得迅猛，处于“不理解”的状态，但出于对毛泽东的长期信赖和深厚情感，还是力图跟上毛泽东对运动的部署。但他们也始终认为：无论天下怎样乱，一定要稳住阵脚。只要军队不乱，天下就保得住。军委秘书长叶剑英同徐向前、聂荣臻、陈毅、贺龙等几位元帅和总政治部主任萧华、副主任刘志坚等多次研究，制定了一系列稳定军队的规定和措施。
但是，这些措施显然与毛泽东的“大乱”方针不符。领会了毛泽东意图的陈伯达在钓鱼台中央文革小组的一次碰头会上大嚷：“军队已经跌到了修正主义的边缘！”江青则质问列席会议的总政治部负责人：你们军队为什么按兵不动？对军队那些“走资派”为什么不揪？我看就是有人压着。
于是，在中央文革小组的鼓动下，1966年10月1日，在天安门城楼上，由第二军医大学群众组织“红色造反纵队”的一个头头向毛泽东、林彪告状，说军队镇压群众，与地方做法不同，搞了许多条条框框，限制太多等。紧跟毛泽东的林彪下令，要全军文化革命小组立即发一个紧急指示，让军队院校的“文化大革命”完全按地方的做法搞。
