这件事在全国引起强烈反响，局面顿时大变。北京各大中学校里，学生纷纷起来“造修正主义的反”，校园里铺天盖地贴出矛头指向领导干部和教师的大字报，学校党组织陷于瘫痪，乱打乱斗的现象开始出现。
六月三日，刘少奇主持召开中央政治局常委扩大会议，周恩来、邓小平等参加，议出八条指示。“八条指示的主要内容是:一，大字报要贴在校内；二，开会不要妨碍工作、教学；三，游行不要上街；四，内外区别对待，不准外国人参观，外国留学生不参加运动；五，不准到被揪斗的人家里闹；六，注意保密；七，不准打人、污蔑人；八，积极领导，坚持岗位。”李雪峰:《回忆“文化大革命”初期的“五十天路线错误”》，《回首“文革”》(下)，中###史出版社2006年1月版，第657－658页。这些规定，自然同毛泽东的设想南辕北辙。同一天，中央在一线的领导人派出以河北省委书记处书记张承先为组长的工作组进驻北京大学，代行党委职权；并向各大中学校相继派出工作组。
工作组进入各校后，仍很难控制局面。十八日，北京大学一些学生自行设立“打鬼台”，四处揪人，并且有社会上的坏分子混入。张承先回忆道:
“据当天下午汇总的情况统计，前后有六十多人被揪斗，多是一般干部，被斗者头上戴高帽，脸上涂黑墨，身上贴大字报，罚跪，揪头发，撕衣服，拳打脚踢，游斗。更加恶劣的是，还发生了多起污辱女同志的流氓行为。经查明，在这场乱揪乱斗事件中，有四个人行为恶劣。一个是庶务科工人刘佳宾，此人原是国民党党员，当过国民党部队的上尉连长，被我军俘虏后，隐瞒身份混入我们内部，上星期就曾带头打过三个人，这一次又是他第一个带头打人。还有一个人在三十八斋前参加乱打乱斗，我到场讲话后，其他人都表示要听‘毛主席的话，按照党的政策办事’，并随即散去，而此人却在散会后两分钟不到，又揪来个女同志进行乱打乱斗……问他是哪个部门的，他说是北大附中的。经查附中并无此人。后查明，此人名叫修治才，一九六二年因偷窃被开除，现在没有正当职业。”《张承先回忆录》，人民教育出版社2003年6月版，第134－135页。
当晚，工作组召开全校师生员工广播大会，由张承先讲话。工作组还作出规定:进行全系批斗必须经系工作组批准；进行全校批斗必须经过校工作组领导批准；建立纠察队，维护斗争秩序；为防止坏人混入，对外校来声援者，安排专人热情接待，但禁止外校来人在北大揪斗人。二十日，在北京主持中央日常工作的刘少奇，把北大工作组关于这件事的简报批转全国。批语写道:“现将《北京大学文化革命简报(第九号)》发给你们。中央认为北大工作组处理乱斗现象的办法是正确的、及时的。各单位如果发生这种现象，都可参照北大的办法办理。”
这时，北京一些高等学校中已经出现反对工作组的浪潮。“六月二十日，北京师范大学和北京地质学院发生了造反派赶工作组的‘六二○’事件。”“二十一日，清华大学也发生反对工作组的事件。这天，工程化学系二十岁的学生蒯大富在一张大字报上写批语，大意是:现在，权在工作组手里，不代表我们，要再夺取。蒯大富在前几天就提出要赶走工作组，六月二十四日，清华造反派在工作组召开的群众大会上批判工作组。工作组长叶林讲话，指出:蒯大富要向工作组夺权，这是一种反革命行为。六月二十六日，广大师生员工在清华园举行了‘拥护工作组’的示威游行。”穆欣:《关于工作组存废问题》，《回首“文革”》(下)，第639页。中共北京市委提出了“抓游鱼，反干扰”的口号，大力控制局势。
毛泽东离开北京已经半年多了。他对运动的看法和正在一线主持日常工作的刘少奇、邓小平根本不同(周恩来从六月十六日到七月一日出访罗马尼亚、阿尔巴尼亚、巴基斯坦，不在北京)。六月中旬，毛泽东离开杭州。他在湖南的长沙和韶山停留一段时间思考运动的发展趋向后，来到武汉。七月六日，他给江青写了一封长信，要正在武汉的周恩来、王任重看过后，送给江青。他在信中写道:
“天下大乱，达到天下大治。”
“现在的任务是要在全党全国基本上(不可能全部)打倒右派，而且在七八年以后还要有一次横扫牛鬼蛇神的运动，尔后还要有多次扫除。”
“这次文化大革命，就是一次认真的演习。有些地区(例如北京市)，根深蒂固，一朝覆亡。有些机关(例如北大、清华)，盘根错节，顷刻瓦解。凡是右派越嚣张的地方，他们失败就越惨，左派就越起劲。”毛泽东同中央文革小组成员等和各大区第一书记谈话记录，1966年7月25日。
这是毛泽东多日来对怎样看待“乱”的问题反复思考后得出的重要结论。在他看来，中国现在正处在坚持走社会主义道路还是走资本主义道路的紧要关头，形势极为严峻，这是涉及党和国家前途命运的头等大事，其他任何事都无法同它相比。
