从上述毛泽东一系列讲话中可以看出，尽管毛泽东在“文化大革命”中犯了严重错误，但在他的内心深处，还是始终对邓小平有着很好的看法。在“文化大革命”那样特定的历史条件下，毛泽东的话是“最高权威”，是全党全军全国人民必须“字字句句坚决照办”的“最高指示”。邓小平在“文化大革命”中之所以没有遭到刘少奇、陶铸那样的厄运，毛泽东的政治保护是一个极为重要的因素。
林彪集团在“文化大革命”中之所以要处心积虑地整倒邓小平，其目的就是为林彪篡党夺权，谋求“接班人”的地位扫清道路。在中共八届十二中全会上，毛泽东不顾林彪、江青两个集团的鼓噪，坚持保留了邓小平的党籍，这使林彪、江青等人如鲠在喉，难以安枕。
林彪虽已被指定为毛泽东的接班人，但他深知，只要邓小平一天不倒，就威胁尚存。唯有置邓小平于死地，方可解除后顾之忧。于是，林彪、江青等指使“邓小平专案组”加紧进行工作。
江青、康生多次指示“邓小平专案组”，要尽快突击攻下邓小平的所谓“历史问题”。中央专案组第二办公室为加强“邓小平专案组”的外调力量，专门从驻京西宾馆的“叶向真（叶剑英的女儿）专案组”抽调人员进行补充。此后，兵强马壮的“邓小平专案组”加快了活动步伐，四处搜罗取证。赴陕西小组负责调查邓小平1927年初由中共组织派驻冯玉祥部队时的情况；赴上海小组负责调查1928年邓小平在党中央机关工作，和1930年、1931年两次从广西红七军回上海汇报工作的情况；并提审有关人员讯问邓小平留法勤工俭学时期的情况；赴安徽小组负责查找1931年邓小平代表中央巡视安徽省委工作时的线索；赴江西小组负责全面调查邓小平1931年到中央苏区后的活动；赴广西小组负责查证邓小平1929年在左、右江革命根据地的活动；赴湖北小组负责提审邓小平的弟弟、原武汉市副市长邓垦；赴四川小组负责审查邓小平的家世及在家乡的活动；赴天津小组负责找人调查邓小平当年在冯玉祥部队的情况；还派员前往广东、宁夏、湖南、辽宁、江苏等地找邓小平当年的老部下调查取证。
“专案组”人员到处调查取证，仅赴广西小组的3人，在不到两个月里，就跑了4个地区，22个县，提审调查了200多人。
在北京，1969年夏季，“专案组”人员整日奔忙，找在京的人证进行调查，滕代远、袁任远、莫文骅等老同志均受到讯问。在调查中，“专案组”人员面对的时常是一些老同志、老将军。这些身经百战的老共产党员，对于“专案组”用心险恶的查讯，有的本着实事求是的态度予以回答，有的则干脆回避或不予理睬。当“专案组”人员找大将张云逸调查时，就被以“首长身体不好”为名予以拒绝，吃了闭门羹。“专案组”人员在黄永胜和吴法宪的亲自安排下，还找中华人民共和国元帅、中共中央军事委员会副主席聂荣臻进行了一次调查。1969年7月20日，在京西宾馆的一个小会议室里，德高望重的聂帅坐在一张藤椅上，面对“邓小平专案组”人员的提问，侃侃而谈。聂帅从20世纪20年代初期留法勤工俭学时起，就与邓小平成为战友，相知甚深。让他谈邓小平，他可是知道得太多了。聂帅谈得极富耐心，一谈就谈了差不多40分钟。他谈的内容，等于把邓小平为共产主义事业而奋斗的历程从头至尾述说了一遍，至于“专案组”人员所要的“材料”和“问题”，连只言片语也未涉及。最后，聂帅说了一句：“我身体不好，今天就谈到这里吧。”随后，在秘书的陪同下，头也不回地走了。“专案组”人员听了半天，一无所获，大为懊丧。
从1968年6月起，在一年半的时间里，“邓小平专案组”为搜寻所谓邓小平的“材料”，先后派出外调小组93批，外调人员223人次，地域涉及15个省、市、自治区，140多个市、县，行程30多万公里。多次往返出入于中组部、中宣部、交通部、公安部、统战部、化工部、一机部、七机部、水产部、解放军总政治部、中央办公厅、中央调查部、中办机要局、对外文委、新华社、《人民日报》社、北京市革委会、北京卫戍区、全国总工会、全国妇联、民航总局、中科院及哲学社会科学学部、宗教局、中央高级党校、中国历史博物馆、空军司令部、海军司令部、北京农业大学、解放军政治学院、最高人民法院、中国人民银行、马列主义编译局、中国医学科学院、北京二七机车车辆厂、民革中央、秦城监狱等近百家单位。
经过反复调查后，“专案组”在写给康生、黄永胜、吴法宪、叶群、李作鹏的一份报告中，不得不哀叹：“关于邓小平的历史问题，经反复查档、调查，到目前为止，除了入团、转党问题尚未找到直接人证，以及一些执行机会主义路线的问题外，还没有查到有被捕、叛变、通敌等重大问题的线索。”
在被认为最为要害的“历史问题”上，“邓小平专案组”希望落空。“专案组”没有找到“历史问题”，只好在“现行问题”上做文章。在以上报告中，他们写道：“邓小平伙同杨尚昆在毛主席身边搞反革命窃听，招降纳叛，包庇坏人、叛徒、特务等两部分罪行，已获得不少证据，准备送呈首长审阅。下一步工作，我们拟重点查其意图搞反革命政变，篡党篡政的阴谋活动和里通外国的问题。相应地核实其三反罪行。”3天后，康生批示同意，并将此件送周恩来、陈伯达、江青、谢富治等阅。
“专案组”在调查中仅剩的一个历史疑点，也就是邓小平的入党问题，不久也有了了结。在上述报告转到周恩来处时，周恩来在报告上批示：“邓小平是在留法勤工俭学时入团、转党的，我和李富春、蔡畅同志均知道此事。”周恩来既是当年邓小平的上级和战友，长期与邓小平朝夕相处；又是中国旅欧共产主义组织的创建人和领导人。因此，周恩来的批示具有不容置疑的权威性和准确性。既然中共中央政治局常委、中华人民共和国国务院总理已经写出证明了，“邓小平专案组”还有什么理由再去无中生有地捏造什么假材料呢！所以，周恩来的批示，对于总想挖空心思地从邓小平的历史中“突破”点什么东西的“邓小平专案组”来说，不啻于当头一棒。
经过了近3年的“文化大革命”，1969年4月1日至24日，中国共产党第九次全国代表大会在北京举行。出席大会的代表共1512人，代表党员2200万人。中共九大代表由少数人酝酿“协商”产生，甚至个别非党员也成了代表。当时，省、直辖市、自治区一级党委和基层党的组织都不能正常工作或者根本没有恢复，全党绝大多数党员还没有恢复党的生活，相当多的第八届中共中央委员仍被审查，甚至被监禁。
在中国共产党第八届中央委员会第一次全体会议上选举产生的中共中央政治局常委中，经过“文化大革命”的风风雨雨，处境已经发生了很大变化。第八届中央政治局常委、中央委员会副主席刘少奇，此时已被作为“叛徒、内奸、工贼”清除出党。第八届中央政治局常委、中央委员会副主席周恩来处境艰难，屡遭暗箭，正在极力苦撑危局。第八届中央政治局常委、中央委员会副主席朱德多次受到“冲击”和大字报的围攻，甚至在中央全会上受到林彪、江青反革命集团成员的当面攻击。第八届中央政治局常委、中央委员会副主席陈云，在“文化大革命”中被诬为“老右倾”，长期受到批判，成了“靠边站”的人物。第八届中央政治局常委、中央委员会总书记邓小平被打成了“党内第二号走资本主义道路的当权派”，正处在被监禁之中。
