这样，在“文化大革命”中没有受到“冲击”的中央政治局常委中，就只剩下了毛泽东主席和在八届五中全会上增选的、经过八届十一中全会改组中央领导机构以后仍保留的唯一的副主席林彪。
在中共八届十一中全会改组中央领导机构以后，进入中央政治局常委的陶铸、陈伯达、康生、李富春，也很快由于对待“文化大革命”的不同态度而出现了不同的命运转折。陶铸由于坚决反对“文化大革命”“打倒一切，全面内战”，把大批领导干部打成“走资本主义道路的当权派”肆意批判斗争的错误做法，触怒了江青等人，很快遭到突然袭击，被从中共中央“第四号人物”的位置上拉下了马，先是被打成“全国最大的保皇派”进行批斗，尔后又被横加“大叛徒”的罪名，遭到监禁。李富春在“文化大革命”中被诬指为“右倾”，多次受到“冲击”，在所谓反“二月逆流”中，更被指为“二月逆流”的核心人物，多次受到批判和攻击。只有陈伯达和康生这两位“文革红人”，在“文化大革命”中“冲锋陷阵”，操纵“中央文革小组”和所谓“革命群众组织”，肆意攻击刘少奇、邓小平等老一代无产阶级革命家，制造“天下大乱”，成为平步青云、权倾一时、炙手可热的人物。
在中共九大上，毛泽东被选为大会主席团主席，林彪为副主席，周恩来为秘书长。林彪代表中共中央向大会作政治报告。报告把“无产阶级专政下继续革命的理论”作为社会主义革命的指导思想和“文化大革命”的理论依据肯定下来，使“文化大革命”的错误理论更加系统和完整。报告把党的全部历史归结为两条路线斗争的历史，虚构了一个根本不存在的所谓“以刘少奇为头子的资产阶级司令部”，把“叛徒、内奸、工贼”的帽子强加到刘少奇头上。报告把整个社会主义历史阶段始终存在着“阶级、阶级矛盾和阶级斗争”，阶级斗争必须“年年讲、月月讲、天天讲”作为党的“基本路线”，并以此规定了“斗、批、改”的任务。报告对国际形势作了不切实际的估计，夸大了帝国主义发动世界大战的危险性，因而过分地强调要准备打仗。在九大通过的新党章中，还破天荒地写上了关于确立林彪“接班人”地位的一段话，即“林彪同志一贯高举毛泽东思想伟大红旗，最忠诚、最坚定地执行和扞卫毛泽东同志的无产阶级革命路线。林彪同志是毛泽东同志的亲密战友和接班人”。
大会在选举第九届中央委员会时，林彪集团、江青集团的一批骨干和追随者进入了中央委员会，而许多着名的老一代无产阶级革命家、久经考验的党政军高级领导干部却被排除在第九届中央委员会之外。在大会选出的170名中央委员和109名候补中央委员中，原第八届中央委员和候补中央委员只有53人，仅占第九届中央委员和候补中央委员总数的19％。
中共九大上，林彪集团的主要成员林彪、陈伯达、黄永胜、吴法宪、叶群、李作鹏、邱会作全部进入了中央政治局。江青集团的主要成员江青、康生、张春桥、姚文元也都进入了中央政治局。这样就进一步加强了林彪反革命集团和江青反革命集团在中共中央的地位，使得林彪反革命集团篡党夺权的野心急剧膨胀，直至密谋策划发动反革命武装政变；使得江青反革命集团不断制造内乱，继续祸国殃民。
中共九大的召开，邓小平是从报纸上的新闻报道中知道的。虽然邓小平被确定为“党内第二号最大的走资本主义道路的当权派”，被撤销了党内外一切职务，但没有开除党籍。以一个大政治家多年的政治经验，邓小平深知这一处理的重要性，也深知其中必有毛泽东的考虑。只要没有开除党籍，就留有余地，就存在着今后恢复工作，为人民服务的可能性。中共九大闭幕以后不久，1969年5月3日，邓小平给汪东兴写了一封信，请汪东兴转报毛泽东主席和党中央。在信中，他询问，“九大”开过后，不知是否已到处理他的问题的时候，并表示完全静候党的决定。他向毛泽东表示，将无保留地接受党对他作出的政治结论和组织处理……信中最后提出，想同汪东兴见一面，谈谈他的感受。邓小平的这封信被送到了毛泽东的手中。毛泽东看了以后，批转给林彪及在京的中共中央政治局委员传阅。邓小平的表态，一定在毛泽东心中留下了印象。一是说明邓小平是愿意作自我批评的。毛泽东认为这一点很重要，他在以后的讲话中还曾提到此点。二是证明毛泽东决定不开除邓小平的党籍是正确的。而恰恰是这一决定，为以后邓小平的复出留下一个极其重要的政治伏笔。可能是毛泽东对邓小平的态度所起的作用，中共九大以后，邓小平的处境有所改善，子女们每周也可以回中南海看望邓小平夫妇了。就在这时，邓小平才知道自己的大儿子邓朴方因在“文化大革命”中受到严重迫害而致残一事。邓小平给毛泽东写了一封信，提出请组织上帮助安排，以便使邓朴方得到进一步的治疗。毛泽东和周恩来对此信作了批示。中央办公厅主任汪东兴与中国人民解放军三○一医院进行了联系。三○一医院隶属解放军总后勤部，总后勤部部长是林彪的干将邱会作。在林彪当权的情况下，三○一医院不愿意接收“有问题”的人。何况这一次要送的是“第二号走资派”的儿子，院方当然更不愿意接收了。直到汪东兴把毛泽东和周恩来的批示拿给三○一医院的负责人看了以后，他们才同意把邓朴方送进三○一医院。
