1999年12月31日，叶利钦辞去总统之位，并任命普京为代总统。俄罗斯联邦由此进入普京时代。
在回忆录里，叶利钦解释他的选择：“普京不急于觊觎权力顶峰，但他比其他人更能感觉到处在顶峰位置上的危险，他总是这样提醒我。当我知道他把索布恰克‘偷运’出境后，我有一种非常复杂的反应。普京不止是自己在冒险。从另一个方面来说，他这种行为让我感到了深深的敬意……我明白让普里马科夫下台的必要性后，便经常痛苦地反问自己：谁会支持我呢？谁真正能站在我的身后呢？突然，我茅塞顿开——普京。”
超级总统与可控民主叶利钦辞职几天后，普京颁发了一道总统令，特准叶利钦及其家人免于刑事或行政起诉，免于逮捕、搜查、审问或是对他进行的人身搜查。同时，他解除了叶利钦女儿的政府职务。
普京就任俄罗斯总理之际，车臣分裂主义分子宣称成立车臣—达吉斯坦共和国，要从俄罗斯联邦独立出去。对这正在打开的“俄罗斯套娃”，普京没有叶利钦的历史包袱，却有着比他更强悍的决心。在这次车臣战争里，普京领导15万人的军队，其战略：不采取简单的驱逐战术，而是要将他们全部歼灭。作为俄罗斯总理以及代总统的普京，直到2000年3月，即将开始俄罗斯总统选举之前，才以军队统帅的身份正式亮相媒体。他说的是战争而非竞争总统：我们要彻底消灭恐怖分子。即使他们藏在马桶里，我们也要将他们冲掉。
没有意外，在总统选举第一轮里，普京即以得票52.77%胜出。
“国王的缔造者”——那些控制金融、工业与传媒集团的寡头们，在这次总统选举里，唯有寡头古辛斯基的“桥媒介”对两次车臣战争都持反对态度，他旗下的独立电视台，将普京描绘成“穿着苏联时期青年组织先锋队制服的人”。普京当选总统仅两个月，40名配备机枪、穿着马拉克拉瓦大衣和迷彩服的税警突然查抄了“桥媒介”，古辛斯基被捕。在大选期间动员自己控制的媒体支持普京的是寡头别列佐夫斯基。但在选举结果即将公布前夕，别列佐夫斯基做出了一个不同寻常的兴动，他举行了一个记者早餐会，他告诉记者，他与普京有着良好的关系，每天进行一次电话交谈，但他又警告说，没有寡头们的支持，普京将不复存在。“就我个人而言，将不会有什么改变。寡头的作用将会上升。寡头一词仅仅是指俄罗斯的大资本家。而且大公司将在俄罗斯发挥越来越大的作用。”在威胁之后，别列佐夫斯基对未来很乐观。大选结束后的当年8月，税警又突然搜查了别列佐夫斯基的西伯利亚石油公司，稍后，因怀疑参与从国家民用航空总局诈骗10亿美元活动，俄罗斯向别列佐夫斯基发出通缉令。
普京开始实施大选前自己的许诺：寡头将不会作为一个阶级而存在。
车臣战争以及打击寡头，开始往超级总统制里的总统普京注入“超级权力”。有意思的是，尤其令西方人士感觉意外之处在于——大选前反对普京的“桥媒介”与古辛斯基，大选后即遭遇清算，这非常容易让人想象到普京对言论自由的控制。这是恶劣的破坏民主的行为。但全俄民意调查中心进行的一次调查发现：33%的调查对象对古辛斯基的被捕没有任何反应，25%的人说他们对此感到高兴，不到10%的人说这次被捕令人担忧，而仅有4%的人认为他的被捕是无端的、没有根据的。调查中心的社会学家解释这一令人意外的数据结果：普通的俄罗斯人相信，古辛斯基毕竟是一个寡头，因而可能是他犯了点什么罪。
言论自由与寡头之害，俄罗斯人感觉到的权重，与西方国家差别很大。
叶利钦提出的“俄罗斯优先”，到普京这里发展出“俄罗斯国家利益优先”。第二次车臣战争时，普京明确表示：他不会容忍来自车臣、曾经困扰第一次车臣战争的批评性报道。在国营电视频道播出的有关车臣战争的报道，都要服从政府的战役方针，把它说成是一场勇敢地打击危险的伊斯兰叛乱分子的战争。当然，也有对抗者，独立电视台曾经采取了一种反战姿态，并试图继续它在第一次车臣战争期间开创的客观报道。但税务官很快就出其不意地对独立电视台进行了一次税务检查，不久又发现它的银行贷款问题。
普京越来越强悍，也越来越强大。不过，他表示：他并不打算在不远的将来去改变私有化的结果，也不想把上世纪90年代在一种可疑情况下实行了私有化的一些最有价值的国家资产重新收回到政府手中。
叶利钦当选俄罗斯总统之后，迅速启用1917年被推翻的俄罗斯的三色国旗，表示自己领导的俄罗斯将接续那段历史。普京当选后宣布，俄罗斯将采用亚历山德罗夫的乐曲，并采用苏联国歌的修订本作为俄罗斯的国歌。他说：“俄罗斯的奥运选手和体育明星再也不会为有一首无人知道的国歌而感到难堪了。”普京要接续的历史当然非常明确。新的俄罗斯的国家认同，在承认历史的连续性过程中重新被塑造。
在普京的政治主张里，极其明确的是“俄罗斯国家利益优先”：“对于俄罗斯人来说，一个强大的国家不是什么异已的怪物，不是要与之做斗争的东西，恰恰相反，它是秩序的源头和保障，是任何变革的倡导者和主要推动力。目前俄罗斯复兴和蓬勃发展的关键就在于国家政治领域。俄罗斯需要一个强有力的国家政权体系，也应该拥有这样一个政权体系。”当然，普京也明确表示：这种国家观念与极权主义的国家不能混为一谈。但是，在这种政治原则之下，再来观察民主比如言论自由与国家利益的关系，当它们可能冲突时，孰重孰轻，便见分明。
俄罗斯学者解释普京的执政方式，定义为：可控民主。意即：被管理的民主。稍后，普京提出了自己的定义：主权民主。
无论可控民主，还是主权民主，都不是西方国家定义的“民主”标准。但是，民主的标准以及解释，是否可以被垄断呢？
