然而就在这时，一道命令使吴忠陷入了前所未有的困惑：吴忠在任北京卫戍区司令员期间，因受命对聚集在天安门广场吊唁周总理的群众实行清场这一错误，被列为“揭批查”的对象（即清查与林彪、四人帮两个反革命集团有牵连的对象的运动）。中央军委决定免去吴忠的广州军区副司令员职务，开始对他在“文化大革命”中的表现进行清查。
临阵易将，这是兵家大忌。吴忠陷入了痛苦的思索中：接受中央军委的命令，那么就意味着自己要离开自卫还击战的指挥岗位，就意味着要放弃自己与指战员在战前研讨了无数遍的作战计划，就会给党和人民的事业造成损失；如若违背中央军委的命令，那么就是公然与党作对，就会令自己陷入万劫不复的境地……最终，一心为党和人民事业着想的吴忠，以高度的使命感和大局观，毅然选择了留在前线“以党性参战！”。
1979年2月17日凌晨，自卫还击作战在上千公里的战线上拉开帷幕。年近六旬的吴忠挎着自动步枪在热带丛林中指挥作战，成为世界军史上的特殊一景。随后，他指挥人民解放军第四十军全部、四十二军、五十四军各一部和两个坦克团协同作战，以迅雷不及掩耳之势，连克高平等6城，严惩了敌军，为扞卫我国主权和领土完整贡献了力量。
回国后，吴忠以豁达、坦然的心境，从容面对长达8年的审查。直到1987年6月18日，经中央军委批准，北京军区党委对吴忠作出最后结论：“经审查，吴忠同志1971年3月至1977年9月，在任北京卫戍区司令员、北京市委书记，分管政法期间，没有参与林彪、四人帮篡党夺权的阴谋活动……吴忠同志在天安门事件中的错误，是执行问题。鉴于当时的历史条件，经中央军委批准，予以结论。”
党和军委的结论出来了，吴忠也释然了，他感觉心上的沉重包袱卸下了，便全身心地投入到了工作中去，并于1988年7月被中央军委授予中国人民解放军一级红星功勋荣誉章。两个月后，鉴于吴忠的身体状况，中央军委批准他离职休养。
离休后，吴忠积极搜集资料，酝酿着写回忆录。后来，他撰写的《中原主帅刘伯承北渡淮河记》、《谆谆教诲寓深情--关于刘帅一封重要信件的回忆》等文章，成为我国党史、军史学者研究刘伯承的重要史料。在写回忆录的同时，吴忠还积极为部队的各项建设出谋划策，继续为我军的现代化和年轻化做出贡献。
1990年2月26日，吴忠将军在海南因车祸不幸逝世，走完了他69年的传奇一生。
