1940年4、5月间，日本华北方面军和它的上司日本中国派遣军之间，由于对华北形势的看法分歧，发生了一场争执。方面军司令官多田骏，对他的上司抽调华北兵力南下华中的要求，不但不予满足，反而派人去南京大诉其苦，强烈要求增兵华北，来对付共产党。一直闹到日本大本营派员来调解。在大本营的压力下，多田骏才不得不执行上司的意见。但华北方面军自认为“对完全不同性质的中共战略一再苦心研究……逐渐掌握了实际情况”，埋怨他的上司“对于华北所发生的根本不同性质的变化，完全没有认识”。
埋怨未了，彭德怀在华北敌后点了一把大火，掀动了一场地震，使华北敌寇的全部神经都紧张起来。在对抗日根据地进行了一番疯狂报复之后，总结其痛苦经验，筹谋新策。
战后日本防卫厅战史室追述当时的情形说：“共军乘其势力的显着增强，突然发动百团大战，给了华北方面军以极大打击。因而促使方面军特别是情报工作负责人作了深刻的反省。从此以后，对情报机构进行了空前的改革和加强。”日本华北方面军一面请求增兵华北，一面把过去对八路军和根据地的“扫荡”升级为“剿共治安战”。将此列为“方面军空前未有的大事”。
百团大战的兴奋冷却下来后，彭德怀和敌后军民面对的是新的更残酷的斗争。
日军的报复“扫荡”给抗日根据地留下了极凄惨的景象，太行山区的富庶之乡沁源县，“房屋全部烧光，被杀死者七千人，数十万群众无衣无食无房子”，根据地“许许多多的村庄成了废墟”。
国民党乘八路军根据地之危，于1940年11月停发了八路军的薪饷和武器弹药供应。1941年1月，国民党发动第二次反共高潮，制造了震惊中外的皖南事变。一度缓和的国共矛盾又处于破裂边缘，加剧了八路军在敌后所处的严峻形势：经济上，完全孤悬敌后；军事上，日军的压迫变本加厉。在115师344旅等部奉中央和总部之命南下开辟华中根据地后，八路军在抗击日寇之际，还要用一部分主力来准备应付蒋介石对延安下毒手。
彭德怀经历了苏区的艰难创业和撤离、转移，备尝长征中无根据地作战之苦，对敌后抗日根据地的建设倾注了极大的心力。在百团大战的紧张战斗中，彭德怀在中共北方局高干会议上，就巩固抗日根据地问题做过长篇报告。他根据中央的方针，总结根据地三年工作的经验教训，对如何坚持抗日民族统一战线、建立三三制政权和加强财政经济建设提出了一系列适合敌后条件的具体政策措施。抗日根据地依靠自力更生，在敌人的封锁下支持抗战，扶助被敌人摧残地区的民众重建家园。敌后200余县的农村陆续进行了村民普选，把毛泽东提出的三三制政权，建立到社会的最基层。
