在那里，毛接到了中央委员会的一封信，此时，李立三成了中央的新的领导人，李曾在长沙响应过毛的求友广告，并协助过毛组织安源的煤矿工人。然而，此时李不是要求提供帮助，而是命令毛解散红军，到上海去，协助领导他所断言的即将爆发的无产阶级革命，他认为农村的革命高潮，有待于城市共产党力量重建以后才能到来。
毛拒绝服从命令，并在回信中斥责了他。“畏惧农民势力发展，以为将超过工人的领导而不利于革命，如果党员中有这种意见，我们以为也是错误的。”所以，毛仍留在江西，巩固新开辟的以瑞金为中心的根据地，并进行温和的土地改革，只没收地主的土地，不动富农和中农。毛想要保护商人的利益，而不是把他们从中立推到另一边。
毛对党的权威进行了全面的抗争，他否定了李立三命令的三个内容——延缓土地改革，红军分散成小股独立的游击队，以及取消农村根据地——并与他对农村革命形势估计的意见相左。毛明确表示他是正确的，而许多脱离实际的领导者是错误的，并且相信大部分有亲身实践经验的人是赞同他的。
在以后的两年期间，为了巩固他的权力地位，毛重新整顿了红军。这时，包括招募的新兵和地方赤卫队，在他的麾下已有1万人左右。
1929年9月，毛患疟疾病倒了，在福建山区的小镇古田渐渐痊愈。在那里他写了一首评论蒋桂战争的词：
风云突变，
军阀重开战。
洒向人间都是怨，
一枕黄粱再现。
红旗跃过汀江，
直下龙岩上杭。
收拾金瓯一片，
分田分地真忙。
他还作了一首有关当地重阳节的词：
人生易老天难老，
岁岁重阳。
今又重阳，
战地黄花分外香。
一年一度秋风劲，
不似春光。
胜似春光，
寥廓江天万里霜。
毛利用因病被迫躺倒的空闲，写了一本小册子，对同伴中的各种错误思想，进行了猛烈的抨击。有些错误思想很明显，例如个人主义，或单纯军事观点。有些则比较复杂，像极端民主化，毛指出其根源是“小资产阶级的自由散漫性”。
