杨奎松在《张学良与中共关系之谜》的研究显示，彭德怀指挥的河东牵线部队在甘北被国民党部队包围，回旋余地很小。11月14日，中共中央意外收到共产国际改变援助地点的电报，电报称，从外蒙帮助的办法不可能实现，在列举的三点理由中，最核心的是“有可能引起苏联与日本严重冲突的可能”。苏联人显然很清楚，“经过甘西前往哈密，即使只是前往安西，红军所要克服的严寒与沙漠的困难比经宁夏去外蒙要多得多”。
因此，中共中央11月8日复电共产国际称，“你们除非能用汽车将物资送到安西，否则要红军到哈密去接是不可能的。因为哈密、安西之间是一千五百里荒无人烟的沙漠。”
由于宁夏战役失败，中革军委制定了《作战新计划》，并于11月8日发给朱德、张国焘、彭德怀、贺龙、任弼时等征求意见，“准备在两星期内决定之。此计划不能过早执行，故十一月内全军须以求战与引敌入宁夏为目的”。但是，《作战新计划》并没有告诉西路军。
11月11日，陈昌浩、徐向前召开了西路军军政委员会会议，徐向前的回忆称，会议认为，黄河东岸已被敌人封锁，东返与西进比较，困难更大。于是下决心西进。红军总部的电报也赋予了西路军“独立完成打通远方任务”。13日，中央致电王明、康生、陈云并转共产国际，通报了西路军进军新疆的计划，明确要求共产国际确实无误地准备从新疆接济物品。
然而，红西路军被马步青、马步芳部队围剿，作战一直不利。11月10日，红九军在干柴洼遭到重创，14日占领古浪县城，16日起与马步芳部队鏖战三天，损失两千多人，九军元气大伤，再也没有恢复过来。
中央此时认为，打通远方局面已定，张闻天、毛泽东、周恩来18日联名致电徐向前和陈昌浩，提出“在现地区留住一时期”。根据中央和红军总部的指示，西路军将创建根据地为主要任务。在东起凉州、西至甘州附近三百余里的狭窄地带一线摆开。11月22日，马家军进攻四十里铺，双方血战三天，马家军伤亡2400多人，红军死亡500多人。红军第三日晚撤出了战斗。西路军与马家军在一个月时间里无日不战，历经大小战役20多次，击毙击伤敌人6000多人，但西路军从21800多人减少到15000人，实力明显减弱。李先念的总结是，“西路军在凉、甘之间创立根据地，且在西进还是东返的问题上犹豫徘徊了一个月，虽有其客观原因，但却是一个很大的失策”。
