1902年，在慈禧太后面前肯定了自己才能的袁世凯获得了更多重要的官职——督办中国北部铁路修建的全权大臣、军机大臣、外务部侍郎、陆军大臣，最后成为内阁总理大臣。这些经历使得袁世凯的公共行政管理经验，在中国鲜有匹敌者。袁世凯不是一个激进主义者，而是一个拥有进步思想的中国人，他清楚地认识到采用现代科技的重要性。他让自己的士兵扔掉弓箭，聘请德国军官担任教习，给士兵们配备步枪，接受前所未有的纪律训练，为中国组建了一支极为精悍的部队。他还为他的部队建立了设备齐全的医院，采取最为标准的卫生措施。他不仅是中国现代军事化的推动者，也是中国现代教育的推动者，他在中国大力推动新学堂的建设，为向普通的中国民众普及现代科学知识规划了波澜壮阔的蓝图。
1904年，义和团出现死灰复燃之势，袁世凯旋即发表了一份措辞严厉的声明：“胆敢妖言惑众扰乱民心者斩!胆敢教授、研习如义和拳、红灯照妖术者斩!”这对于希望再次掀起灭洋运动的狂热分子无异于当头棒喝，这股暗潮很快偃旗息鼓，狂热分子们知道袁世凯对付义和团的手段，他们并不希望落得与袁世凯担任山东巡抚时期的义和团的头领们同样的下场。
他是一个儒家的信徒，但是他在学术上却是宽容的。他对某些新教传教士的高尚人格和渊博学识极为赞赏。1898年，他邀请长老会牧师赫伯特·E。豪斯博士担任长子袁克定的家庭教师，1900年又邀请长老会牧师、滕州教会学校校长华生·M。海伊斯博士担任他所建立的济南府文学院院长。1906年他到保定府视察期间，发现当地充满着对土地爷的迷信，当地土地庙的香火很旺盛，而土地庙的庙祝们却向他报告了许多有关当地死亡人数的情况。于是袁世凯命令把当地所有的土地庙改成警察局，同时下令把土地庙里的所有神像集中起来统统扔到河里。当地传教士闻讯赶来看热闹，他们想要看看当地老百姓怎样执行袁世凯的这道命令，他们发现了一件很有趣的事情，数千名中国人站在河岸上，他们也把神像沉塘当做一件笑话看，他们有人甚至还在说：“看哪!神仙们在洗澡呢!”
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