“鸿门宴”缴杀义和团，遭致慈禧不满义和团运动兴起后，袁世凯主张对义和团采取“剿杀”政策。在满朝文武被义和团“扶清灭洋”情绪卷入的背景之下，这彰显了袁世凯在混乱的大局之下保持冷静的睿智和勇气。他对待义和团的政策基于其对于国际局势的判断。
他调任山东巡抚之初，原来的山东巡抚毓贤被调往陕西任巡抚。毓贤是一个狂热的排外主义者，因为他对山东的义和团采取听之任之的政策，义和团才在中国北方尤其是山东、天津、直隶一带呈现烈火燎原之势。被狂躁情绪冲昏头脑的毓贤在陕西巡抚任上，将陕西全省的外国传教士骗入巡抚衙门集体屠杀，他甚至还亲自动手，杀死了三名传教士。如果毓贤继续留任山东巡抚，山东省的传教士估计也会遭到同样的厄运。袁世凯上任之初，济南府的西南部已经发生了义和团运动，义和团杀死了英国传教士布鲁克斯。袁世凯已经预料到这种政策将导致的严重后果，所以他在山东全省打击义和团的势力，并保护外国人的生命安全。袁世凯成功地做到了这一点，他上任之后，山东没有一个外国人被义和团杀害，在他的协助下，在山东的外国人要么逃离山东，要么被他保护起来。
袁世凯的这种明显的亲外政策，引起了当时对义和团采取鼓励态度的慈禧太后的不满，袁世凯日后的地位和将来的升迁希望都掌握在她的手中。那些因为相信义和团“刀枪不入”的说法而变得狂躁凶狠、发誓要将大清帝国境内所有的外国人杀光的保守派，对他群起而攻之。愤怒的底层民众咒骂他是“混世魔王”，声称要“替天行道”除掉他，因此袁世凯的生命不断受到威胁。但民间的仇恨、同僚的反对和大权在握的慈禧太后对他的不满，并没有丝毫动摇他剿杀义和团的决心。
由于受到袁世凯的沉重打击，山东义和团的首领们派出一名代表去游说袁世凯，这位代表告诉袁世凯，民间仇外的情绪正在猛烈上升，他劝巡抚大人“顺应民意”铲除洋毛子，让他的子民都从那可恨的西化风气中解脱出来。
