其实刑部并不是现代人想象中的大权独揽，掌握罪犯生死的唯一机构，而是要和其并称为三法司的大理寺、都察院共同审理才可以决定一个人是否该杀，而这一系统类似于封建时期的“公检法”。在三法司共同审核的过程中有案件如果存在“情罪不符、引律不当”等情况的时候，三法司对地方官府的判决有异议的时候，就可以申请将此案判为“斩监侯”或“绞监候”。
而这样的结果无疑是为这些罪犯提供了宝贵的取证时间，在清代每个地方都要在某一个日期之前将本年的所有判处死刑的案件交给刑部，但这个日期并不是固定的，例如江苏是每年的二月初十，河南是三月初十，而直隶省则是三月三十，尽管每个地方的上交日期不同，但最少也可以为死刑犯争取到四个月的重新调查的时间。
秋审一般在每年的八月进行，先是由三法司和九卿以及其他相关人员，将刑部已经判处死刑的犯人进行审核，而这些人一般都是没有异议的事前商议好死期的罪犯，这个叫做朝审。秋审就在朝审的第二天开始举行，这一天会将各省份提交上来被判为斩监侯和绞监候的案子，进行再次审核，如果三法司的及在场的其他官员没有异议，就将这名犯人的罪行落实，发回原地，由地方政府执行死刑。
斩首的地点和执行其他死刑一样，一般都在市朝。从春秋时起大多如此。凡将王公大臣或名士大夫斩首，就在朝门外，如北宋时在汴京（今开封）五朝门，明清时在北京午门；凡将普通死囚斩首，就在街巿进行，这即是《礼记．王制》篇所说的「刑人于巿，与众弃之」的意思。对某一城市来说，行刑的地点有时是固定的，有时是不固定的。清代北京斩人，常在菜市口。又据传说，清代苏州斩人常在五鼓天亮时，在平时较繁华的街道上执行。市民们得知要在这街上杀人，都事先出钱贿赂刽子手，如果谁家不出钱或出钱较少，刽子手就有意在他家店铺前面行刑，这家人就会觉得十分晦气。
执行斩首时必须有监斩官，这也是自春秋时就有的成规。《周礼．大司寇》所说的「涖戮」，就是后世所说的监斩。《左传．隐公四年》所记「卫人使右宰丑涖杀州吁于濮，石碏使其宰獳羊肩涖杀石厚于陈」，这右宰丑和獳羊肩充当的就是监斩官的角色。监斩官可以由原审理此桉的官员担任，也可以由朝廷或上司委派的别的官员担任。监斩官在规定的时间之前，把囚犯从监中提出来，带往刑场，监押的方式也有一定之规定。如南北朝陈时规定，死囚将被处决，押送时要乘露车（车上不施用遮蔽，如同现在所谓的敞蓬车），戴三械（即项械、手械、足械），加壶手，到达刑场后去掉手械及壶手，时辰一到即行刑。古时还规定，犯人的姓名和主要罪行要书写在手械上，让人们一目了然，周朝时就有这规矩，叫「明梏」4，后世一直沿用。明清时是把一块写有犯人姓名及罪行的木牌插在犯人背后，俗称「亡命牌」，这和「明梏」的意义相同。
