太医院各级官员，平时都要轮流值班，在宫里的称为“宫直”，在外廷的称为“六直”。为了便于这些太医院的“院长”、“副院长”、御医们更好服务于皇帝，皇宫以及皇家林园都设有专门公所，以供医生休息陪侍。从前圆明园，紫禁城都有这样的公所。
太医院医生培训和选拔一直以来就很严格。清代分内外两种。称为内教习和外教习。内教习是太医院选派学问深厚，专业突出的医生对太监中的学医者进行培训。而外教习则是选择普通平民或者御医子弟中的学医者，进行选拔和培训。外教习非常严格，必须经过重重考试，才能进入其中学习。另外，即使已经成为御医，甚至升为院判、院使，除了皇帝特许，否则每六年都要经过一次大考。而这大考的目的就是依照成绩，分别列出等级，最后决定去留。
太医院中的官员升迁，一般是按照品级来进行的。例如，“院长”级别的院使出缺，那么依照规定则由“副院长”级的左院判补上。左院判出缺，那么就由同是“副院长”级的右院判替补。右院判出缺，由御医升补。以此类推。
太医院的医生除了每天按部就班的伺候皇帝以及内廷，还有临时和固定任务。有时候，还有奉旨临时委派的任务。比如某个王爷，或者大臣、公主有病在身，则需要派人及时应诊。而礼部、兵部会试和顺天府乡试，进场值班；刑部的监狱中的犯人治病，则属于固定任务。这是绝不容许推脱的。
御医作出诊断，就要下药，而御药房则成为太医院中相当重要的一个机构。它的主要工作是负责内廷中采办、储存、配制各种药膏。御药房分东西两处。西药房由太医院的院使、院判和御医、吏目分班轮流值守。东药房归御医、吏目以及医士值守。
因为这些药膏都要进入皇帝的口中，安全就显得分外重要。凡是宫中传唤太医院中值班的医生入宫看病，都由药房太监带领。诊断结束，必须与太监一同药房合药。并且将药方和名字记录封存。随后还要开列出这个方子的药性以及治疗的方法，医生、太监还要在年月日下署上名字，最后送到皇帝处批阅。最后登记入册，由太监收好，已备查考。
煎制药品，太医院派员与太监要一起监视。煎制时，必须多煎一份，两服合成一服。煎好后，分别倒入两杯，一杯由主治医生先尝，再由院判、太监依次尝过。另一杯才被允许皇帝服用。如果配制中，不依照原来的处方，或者没有开列药名、分量，甚而有错漏的，一律按照“大不敬”论处。“大不敬”罪在古代“十条重罪”中的一条，是相当严重的指控，轻者枭首、弃市，重者腰斩、凌迟。所以，正是基于此，御药房一向成为内廷禁地，防范极为严格，轻易不得私入。乾隆年间，调制药物开始由太监负责，医官才不再继续制药。
到了清朝后期，太医院管理日渐松弛，光绪末年，朝廷成立“新医学馆”，太医院退出历史的舞台。不过，太医院虽然消失，但是保障政治领袖的医疗体系却依旧存在。不管东方或者西方，据说现在更加严密和繁杂了。
