康有为接二连三、沉痛而又激烈的上书，深深打动了不甘做亡国之君、力求振作的光绪皇帝。光绪帝决心颁布科举新章，立命军机大臣拟旨，废除八股。可是遭到顽固派军机大臣徐桐的竭力反对。他说：“此乃祖制，不可轻废，请下部议。”光绪帝说：“部臣据旧制以议新政，惟有驳之而已。吾意已决，何议为？”刚毅只好说：“此事重大，愿上请懿旨。”五月初四光绪帝诣颐和园请慈禧太后懿旨。尽管光绪帝“上扼于西后，下扼于顽臣”，但由于他锐意维新，力排众议，以为“非得人才不足以图富强，而非改科目不足以得人才”，遂于次日发布上谕，明告天下：“著自下科为始，乡会试及生童岁科各试，向用四书文（即八股文）者，一律改试策论。”十二日又发上谕，准御史宋伯鲁奏，著将经济岁举归并正科，各省生童岁科立即改试策论。十八日，光绪帝再次发布上谕，嗣后一切考试，均著毋庸用五言八韵诗。二十五日清政府颁发《经济特科章程》6条，并诏举经济特科，命各省长官各举所知，保荐人才，于三个月内送京，然后定期举行。六月初一，准张之洞、陈宝箴奏变通科举章程。乡试会试仍为三场，一试历史、政治，二试时务，三试四书五经，岁科亦以此例推之。并命嗣后一切考试，均以讲求实学实政为主，不得凭借楷法之优劣定高下。初三，发布上谕，变通科举，嗣后一经殿试，即可量才授职，停止朝考一场；再申取士以讲求实学实政为主，不凭楷法。初五，光绪帝命各省将军督抚学政对变通武场事，各抒所见，报部采择。十二日，光绪帝发布上谕，开经济特科，严禁滥保，不得瞻徇情面。七月初九，光绪帝命兵部妥议御史杨福臻所奏武科章程宜合学堂、营制、科举为一事一折。十一日，光绪帝命礼部迅速议奏徐致靖所请岁科两试照新章分场去取事一折。与此同时，光绪帝又下谕设立学堂，包括创设京师大学堂、专门学堂、将旧式书院淫祠改为学堂、各省设中小学堂等等。光绪帝一系列诏令的颁布，改变了几百年来的惯例，表现了他变法维新的勇气和毅力。八股取士制度的废除，有利于冲破封建文化专制主义，有利于知识分子的思想解放，得到了资产阶级维新派和多数知识分子的热烈拥护和支持。五月初五光绪帝废八股的上谕发布后，“京师哗然，传废八股，喜色动人”。“及命下之日，欢声雷动”。但也应当指出，百日维新期间康有为等维新派改革科举的主张，以及光绪帝的改革措施，都是很不彻底的。首先表现在维新派只要求废除八股取士制度，而不敢要求废除整个科举制度。其次，只要求废除八股文体，对于考试内容仅要求增加新的内容，而对于四书五经等传统的封建经典仍旧保留，不敢触动。这一方面是由于来自顽固派方面的阻力太大；另一方面也反映了康有为等维新派迷恋旧经典，不能彻底摆脱封建传统文化束缚的局限。纵使如此，仍遭到封建顽固派和八股士子的激烈反对。湖南举人曾廉曾上书慈禧太后，要求杀死康有为、梁启超等人以泄忿。戊戌政变后，立即恢复旧制。八月二十四日颁谕：“嗣后乡试、会试及岁考科考等，悉照旧制，仍以四书文、试帖、经文、策问等项，分别考试。”但此次废除八股取士仍对20世纪初年清政府废除科举制度起了催生作用。
