如上所述，元朝科举制度的规模很小，它对有元一代的既定用人格局，没有产生多大影响。不过，元朝最先把程朱理学规定为考试取士的标准，"非考亭(朱熹--引者)之学"的作品，被当作"邪说"而毁掉(《金华先生文集》卷26)。此后经明代直到晚清改革科举制度，以理学科士，维持了将近600年。所以，从元代开始，程朱理学在中国思想文化史上几乎占据了绝对的统治地位。
公开的考试制度在元朝本来发轫已迟，直到１３１５年才第一次举行，去开国已５５年，并且其条制将蒙古色目人分为一科，汉人南人另分一科，前二者人口，只有全国３％，其分配名额倒有总数５０％。并且朝中的大官除少数例外，一向都是蒙古与色目人包办。
元朝，长期没有科举制度，这跟蒙古贵族保持既得利益的需要和民族偏见有关，也跟程朱理学信奉者的反对有关（宋金以词赋取士，不切实用，遭致他们反感）。直到仁宗皇庆二年（１３１３年），有中书省大臣建议恢复科举制度，并且提出意见如下：“学秀才的，经学、词赋是两等。经学的是说修身齐家治国平天下的勾当，词赋的是吟诗课赋作文字的勾当。自隋唐以来，取人专尚词赋，人都习学的浮华了。……俺如今将律赋省题诗小义等都不用，止存留诏诰章表，专立德行明经科。明经内四书五经，以程子、朱晦庵注解为主，是格物致知修己治人之学。这般取人呵，国家后头得人材去也。”（《元典章》卷三十一《礼部》四《学校·儒学》）爱育黎拔力八达批准。次年即举行考试。以后每三年考试一次，分乡试、会试、殿试三级。
PS理学确立科举的统治地位，可不是朱元璋。承袭前制那是传统——汉承秦制，唐承隋制——一些（注意，我可没说全部）为世人诟病，宋朝及其以前没有的恶习都是元朝传下来的。
