吴佩孚回到天津后，将所率部队集中于北仓、杨村一带，准备进攻北京，同时向苏、浙、鄂、豫等省直系军阀求援。然而，在段祺瑞授意下，山东郑士琦和山西阎锡山均宣布中立，并分别出兵沧州和石家庄，截断津浦、京汉两线交通，使南方直军无法北上增援。11月2日，冯玉祥部攻占杨村和北仓，吴佩孚退至军粮城。这时奉军已进至唐山、芦台附近，吴佩孚在东西两面受敌的形势下，被迫于11月3日率残部登舰南逃。第二次直奉战争至此结束。
直系在这次战争中失败是因为：一方面它为巩固其反动统治而对内镇压工人运动，进行贿选，推行“武力统一”政策；对外承认帝国主义对临城案的要求，媚外辱国，从而使它与全国人民的矛盾日益尖锐，成为人民最主要的敌人。这就促进了反直各派的联合，使它在政治上军事上陷于孤立，遭到反直势力的共同打击。同时其倒行逆施也加深了其财政危机，使其军费困难，装备不得更新，军饷和军需物资不足。另一方面，是其内部争权夺利的斗争使它分崩离析。曹锟上台前，原有洛（阳）、保（定）派之分，曹上台后，又有津、保派争夺内阁总理职位之争，使政局不稳。同时，吴佩孚与王承斌、齐燮元、冯玉祥等争夺兵权和地盘的矛盾斗争也削弱了自身的力量。特别是冯玉祥与胡景翼、孙岳在内部结成反直三角同盟，并在这次战争中倒戈，给了吴佩孚致命的一击。
江浙战争和第二次直奉战争，都是帝国主义支持下的直系与反直系的军阀战争。奉系的胜利，表明日本帝国主义在争霸中国的斗争中取得了优势地位。
在第二次直奉战争中发生的震动全国的北京政变，是由来已久的。第一次直奉战争后，冯玉祥与吴佩孚之间的矛盾日益尖锐起来。冯的部队在第一次直奉战争中起了重要作用，战后被任命为河南督军。吴佩孚长期驻洛阳，一向视河南为其根据地，要求冯在河南督署安置其亲信，并为他筹饷，遭冯拒绝。吴为削弱冯的兵力，企图将冯部李鸣钟旅扩编成师，留驻保定，以脱离冯的管辖，也因冯的反对而未能实现。冯为加强自己的实力，成立了五个补充团，吴屡电制止，冯均置之不理。吴冯争夺地盘和兵权的矛盾已很尖锐，吴为压制冯，在冯任职不到半年即促使北京政府调冯为陆军检阅使，移驻北京，使冯失去河南地盘。冯被迫北调，吴还令冯将五个补充团留下，冯不顾吴的阻拦，仍将其部队全部运到北京。冯部北调时，吴原应允每月由河南协助军饷20万元。但冯部到京后，吴不履行诺言，加以北京政府不能按时拨给冯军费，使冯部处境十分困难。冯吴之间的矛盾成了直系内部诸多矛盾中最为突出的。冯认为一旦直奉之间爆发战争，直胜则他受吴的压迫将更甚。这是冯倒戈反直，发动北京政变的基本原因。
冯玉祥原非曹吴的嫡系，其某些政治军事行动表现他具有一定的朴素的爱国思想。如1918年2月，他两次发出通电主张对南方停战，和平解决，因此受到孙中山的称赞。1919年五四爱国运动中，他支持其驻地常德学生的反日斗争。1923年他发出通电支持根据条约收回租期届满的旅顺、大连的主张。他的这种思想基础使他能够接受孙中山和广东革命势力的影响。1920年秋以后他与孙中山之间常有信使往返。1923年冯收到孙中山赠的亲笔写的《建国大纲》。同年孙还派人转达了对冯的殷切期望。加以革命统一战线建立后，革命潮流的推动，使冯开始倾向广东革命势力。这也是冯发动北京政变的一个原因。
冯吴之间既存在尖锐的矛盾，反直势力就得以利用这个矛盾进行分化直系的活动。在孙中山争取冯转向革命的同时，段祺瑞、张作霖也拉拢冯以对付吴佩孚。而冯为保存自己的实力也需要得到段、张的支持。冯的军费困难，段即利用张作霖提供的经费，接济冯军饷。张并一再派人到京与冯联络。段、张的拉拢和支持，使冯敢于反戈倒直。
