1912年11月，俄国与外蒙独立政权订立了《俄蒙协约》及《商务章程》，宣布终止过去蒙古与中国的关系，从此不准中国军队进入蒙地，不准汉人移居蒙地。俄国将协助蒙古自治，帮助其编练军队。此后，俄国通过一系列条约在外蒙获得了广泛的特权，使外蒙成为俄国的势力范围。
1913年11月，在俄国的压迫下，北京政府与俄国签署了《中俄声明》。这一声明虽承认中国在外蒙的主权，承认外蒙是“中国领土的一部分”，但却规定中国不得在外蒙驻军、设治、移民等，只能派办事大臣及属员卫队驻扎库伦。声明给予外蒙以广泛的自治权，并规定此后有关外蒙的政治、土地、外交事宜，中国政府得和俄国政府协商。这一文件实际上认可了俄国对外蒙的控制，但俄国终究没有达到将外蒙从中国完全分裂出去的目的。此外，俄国还派出大批军队，强行占领了外蒙古西北部的唐努乌梁海地区，将它直接划入俄国的版图之中。
辛亥革命爆发后不久，在英国驻印度总督的支持下，此前逃亡在印度的达赖十三世派亲信潜回西藏，组织叛军围攻中央驻藏部队。1912年6月，英军以调解为名，强迫中央军队解除武装，并武装护送达赖回藏。达赖回到拉萨后，即宣布西藏独立。
达赖藏军还举兵内犯，进攻西康藏区。北京政府遂令四川和云南部队出击西康，大败藏军。正当川滇平叛军队准备乘胜人藏时，英国出面干涉，要求北京政府接受其调停。迫于英国的压力，北京政府下令停止军队人藏，并同意举行有西藏代表参加的中英会议。
1913年10月，中英藏会议在印度西姆拉举行(史称西姆拉会议)。会议由英国代表、英印政府外交大臣麦克马洪所操纵。西藏代表和英国代表先后提出西藏自治和独立的提案，但为中央代表所拒绝。此后，西藏与英国代表私自签订《西姆拉条约》，并秘密换文划定印藏边界线(即所谓“麦克马洪线”)。北京政府对此不予承认。
1914年7月，第一次世界大战爆发。中国最初对欧战保持中立，日本则利用对德宣战的机会，谋求夺取德国在华利益。1914年9月，日本无视中国的中立和主权，出兵中国山东，并肆意扩大其军队的行动范围，进兵济南，强行夺取胶济路全线。待攻占青岛后，便图谋长期霸占。
不仅如此，日本还于1915年1月18日向北京政府提出了严重损害中国主权的“二十一条”，要求继承德国在山东的一切权益，并允许日本在山东建造铁路；要求将旅顺、大连和南满、安奉铁路的管理期延长到99年，日本人在南满和东蒙享有居住、经营和土地所有权；要求将汉冶萍公司由中日合办，要求中国所有的沿海港湾及岛屿不得割让或租借他国；要求中国政府聘请日本人担任政治、财政、军事等方面的顾问，在一些地方由中日合办警察或聘用大量日本警官，中国军械半数以上须向日本购买，或设立中日合办的兵工厂等。
北京政府曾将日本的要求泄露出去，以图争取国内外的同情，引起国际干涉，但未能如愿。当欧战正进行之时，列强不愿也没有实力对日本施加任何压力。相反，为争取日本的配合，英法等国曾暗中向日本许愿，同意日本继承德国在山东的权益。
5月7日，日本向中国提出最后通牒。5月9日，北京政府接受了最后通牒。5月25日，中日在北京签订了以“二十一条”前四号为基础的一系列条约和换文。这些条约和换文通称为“民四条约”。“民四条约”是民国时期所订立的最为屈辱的不平等条约。它的签订，标志着近代以来中国外交地位持续下滑至谷底。
在袁世凯主政时期，北京政府也进行了一些力图维护国家主权的对外交涉，或在条约范围内为国家争取一些利益，或力图收回列强在条约外所夺得的有损中国主权的权利。北京政府与列强先后进行了修改关税税率和收回上海会审公廨的交涉，但未能取得任何成果。
