根据美国监测、流行病学和最终结果（SEER）数据库的脊索瘤患者预后资料表明：脊索瘤患者预后明显较差，脊索瘤患者中位总生存期为 12.6 年，10 年生存率为 54.7%。
脊索瘤通常起源于中线区域，而软骨肉瘤起源于旁中线中央颅底，所以掌握周围复杂的骨性解剖结构对于成功手术治疗至关重要。 脊索瘤几乎均以斜坡为中心，斜坡分为三个部分。斜坡上段起自后床突，沿着鞍背，终止于岩尖。这一区域临近的重要神经血管结构包括动眼神经、滑车神经、三叉神经眼支和上颌支、颈内动脉海绵窦段、基底动脉上段和海绵窦。斜坡中段起自临近Dorello’s管的岩尖，止于颈静脉孔（神经部分）。这部分重要的神经血管结构包括面神经、前庭蜗神经、基底动脉下段、椎基底动脉汇合部和岩下窦。斜坡下段起自颈静脉孔（神经部分），止于枕骨大孔。这部分包括基底动脉、枕骨髁、舌下神经管，以及舌咽神经、迷走神经、副神经和舌下神经。
经鼻内镜入路是切除脊索瘤的理想入路，因为肿瘤位于硬膜外且不太可能呈纤维状；通过局部显微外科操作借助成角内镜更适于切除肿瘤。此外，采用微创开颅入路切除颅底中线肿瘤，是不太可能达到的。
2019 INC国际神经外科医生集团主办的第二届世界神经外科顾问团（WANG）年度峰会上，世界神经外科联合会WFNS颅底手术委员会主席法国Sebastien Froelich教授讲述了其对于颅颈交界处脊索瘤的手术策略，他指出：颅颈交界区脊索瘤比斜坡的预后情况要差，手术更加复杂，浸润也更加弥漫性，全切也会更为困难。目前，神经内镜下手术对脊索瘤的治疗有了革命性进展，因为这是一个直接的手术入路，你可以直接达到肿瘤的部位。
