王明、周恩来、博古联名复电叶挺，进行挽留。项英也提前结束开会，回到新四军。奈何叶挺去意已决，他向项英坦诚，自己离开新四军，回到家乡打游击。项英见事已至此，只好表示理解。
叶挺就离开了新四军。
叶挺回到广东后，在主政广东的余汉谋的支持下，很快拉起了一支5000人的抗日游击队。项英闻讯，与袁国平、周子昆等商量，打算派一批广东籍贯的干部，去帮助叶挺组建部队。没想到，蒋介石对此大发雷霆，他骂余汉谋：“这样，共产党就在华南又建立起一支新四军了！”
项英知道这一情况后，报告中共中央和周恩来，希望劝说叶挺回到新四军。周恩来在与叶挺面谈后，亲自护送他回到新四军。此后，叶挺担任新四军委员会主任，项英担任副主任。
1939年8月，叶挺为解决新四军经费和第五、第六支队编制问题，到重庆面见蒋介石。蒋介石提出，要叶挺参加国民党，“编制、经费就好解决”。叶挺很反感，提出辞职。蒋介石顺水推舟，说“离开四军也好，或许有比四军更有意义的工作给你做”。
这样，叶挺一气之下，第二次从新四军辞职。
对于叶挺的第二次辞职，中共中央高度重视。刚刚从苏联治病回国的周恩来，按照中共中央的要求，立即在重庆会见叶挺。在周恩来的斡旋下，蒋介石同意了新四军第六支队番号并增加4万元经费。经费和编制的问题解决了，叶挺在周恩来的邀请下，再次回到了新四军，继续担任军长职务。
叶挺这次回到新四军后，项英已把叶挺当着党内同志“共同决策”了，许多重大事项，也都是他们一起商量，上报中共中央。令人惋惜的是，不久之后，震惊中外的“皖南事变”就发生了，项英在突围中遭到叛徒杀害。而叶挺奉命与国民党军交涉时被扣押，入狱五年。
1946年，叶挺乘飞机由重庆回延安，飞机失事，叶挺遇难身亡。时年50岁。
死亡真相
在1945年国共商国是的时候，国民党反动当局没有诚意，不仅在军事上破坏合作，而且在各个领域派了大量的特务破坏党开展工作。1946年4月，党将博古、叶挺等一些重要的人物从重庆送往延安。国民党当局得知这次飞行有党重要的领导人物，为了破坏党的工作，打破国共两党谈判的和谐氛围，制造事端以麻痹党的谈判，军统特务就对这次飞行进行了精密的暗杀行动。结果搭载党和军队众多高级领导的C-47在一个特意的阴谋安排下发生了事故。
