由于邓小平当时正好出外视察，处理这个问题的责任就落在邓小平在书记处的副手彭真身上。彭真有意妥协，于是安排在《人民日报》学术版和《北京日报》上刊登这篇文章，并且加上编者注，说明这篇文章只是对当时的学术问题进行讨论。
毛泽东的反应是把彭真召到上海。在上海，他很严厉地告诉他，他认为吴晗剧本中的英雄和反面人物就是影射彭德怀和他本人。所以，他现在就要对吴晗发动公开地批判。
但彭真并没有被吓住。回到北京后，他召集“文化革命小组”开会，拟定了《关于当前学术讨论的汇报提纲》。这篇《汇报提纲》提出，“要以理服人，不要像学阀一样的武断和以势压人”，并且再次重申彭真在秋季会议上当面反驳毛泽东的那句话，“在真理面前，每个人都是平等的”。《汇报提纲》在刘少奇召开的当时在北京的政治局常委出席的一次会议上，讨论并获得通过。然后作为中央委员会的文件，下发给全体党员。
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在这个过程究竟发生了什么，迄今仍然是个谜。在这篇《汇报提纲》下发之前，邓小平和其他人曾经当面向毛泽东请示。他可能含含糊糊表示了一点意见。因为他知道，假如没有他的明确表态，《汇报提纲》就被下发出去，那么他将占据非常强有力的地位。或许邓和其他人想对他进行挑战，认为即使最后摊牌，政治局常委的大多数人都会支持刘的决定。或许，双方都在瞒着对方。
不管真相如何，在接下来的几次对抗中，获得胜利的还是毛泽东。最晚在3月中旬，他就决定彭必须辞职，为此，他派康生到北京传达他的指示，要对彭进行批判。4月2日，留在北京的周恩来(刘少奇在国外)用电话或电报告诉毛，他同意康生传达的毛的指示。几天以后，彭发现他自己在书记处的会议上处于被批判的地位。会议由邓小平主持，周恩来、康生和陈伯达也出席了。第一回合胜利后，毛在杭州召开了一次政治局常委会议，会议决定罢免彭真。
接着，在北京召开的政治局扩大会议也采取了行动。会议由出访归来的刘少奇主持。刘或许是不愿意阻止，或是无力阻止康生按照从毛那里得到的另一套指示采取的行动。5月16日，会议批准了一个党内《通知》，其内容完全符合毛的所有要求。该《通知》对彭的《汇报提纲》进行了批判，也对彭进行了指责，并解散了他所领导的文革小组，取而代之的是在中央委员会(不是书记处)之下成立的一个由18人组成的文革小组，《通知》提出要“批判混进党里、政府里、军队里和文化领域的各界里的资产阶级代表人物，清洗这些人，有些则要调动他们的职务”。
毛泽东因此掌握了主动，但是在会议上造成一场骚动的，却是林彪。他在会议结束之前，突然指控党的宣传部长陆定一和书记处成员杨尚昆阴谋发动“反革命政变”，并呼吁彻底调查他们的行为。他宣称为了挫败他们的阴谋，他已经征得毛泽东的同意，派遣军队进驻北京的广播电台和“公安单位”。在这次会议的几个月之后，毛泽东在写给江青的信中说，林彪所说的话令他大吃一惊。尽管毛泽东可能真的大吃一惊，却不能使陆定一和杨尚昆免逃几乎立即被捕的命运。
在打败彭真和书记处后，毛泽东似乎应该返回北京了。但他却决定继续留在杭州，让刘少奇和邓小平去发动这场文化大革命!这使刘、邓两人很不愿意，但却又不得不做的一件事。毛泽东究竟是想要给他们一个将功赎罪的机会，或只是丢给他们一条绳子，要他们自缚手脚，这又是另外一个谜，而且可能永远也无法找到答案。即使他们想弥补过失，但他们的做法也错了。他们不是去努力迎合毛的意见，相反，他们计划实施一项政策，其做法几乎是刘少奇在社会主义教育运动中起草的《后十条(修正案)》的翻版。他们派遣了数百个工作组到北京的中学和大学，要求他们建立文化革命委员会，并指导文化革命委员会调查、搜集学校教师和管理人员过去和目前有无修正主义的倾向和证据，但并没想把群众卷进去。
这种做法，从一开始就受到林彪、康生和陈伯达等人的破坏。通过各机构的军宣队，以及学校和大学的军代表，他们三人把由本该党委控制的自上而下的清理工作变成自下而上的对领导和教师的揭发和攻击。他们动员学生示威游行，反对他们的师长，并要求把“牛鬼蛇神”揪出来批判，即使是党的高级干部也不能例外。到了6月初，由“好”的(非资产阶级)阶级背景的学生组成的一队又一队的红卫兵，已经布满整个北京市，并开始和工作小组发生冲突。在幕后，林彪等人也展开积极行动。他们改组北京市委，并且派军宣传队接管了《人民日报》。
