10月5日，发布了《关于军队院校无产阶级文化大革命的紧急指示》：“根据林彪同志的建议，军队院校的文化大革命运动，必须把那些束缚群众运动的条条框框取消”，明令取消军委、总政关于“军队院校文化大革命运动在撤出工作组后由院校党委领导”的规定，以及不在军兵种院校范围外的地方院校串联等其他许多规定。要求军队院校完全按照“十六条”的规定办，开展“四大”。
同一天，中共中央向全国转发了这一文件，并要求全国大中学校坚决贯彻执行。这个《紧急指示》发布后，军队院校和某些机关中的一些造反派到处“踢开党委闹革命”，乱冲乱闯，军队受到了很大冲击。
1967年元旦一过，从上海开始向全国各地卷起的“一月风暴”猛烈地冲击着人民解放军的机关和部队。1月4日，总政治部副主任、全军文革小组组长刘志坚被打倒。
这时，军队院校和文艺单位造反派代表来到北京，要在1月5日召开把矛头指向叶剑英、陈毅的“批判资产阶级反动路线”大会，后被周恩来三次说服制止，造反派答应会议延期。军队在京院校造反派和清华大学等院校红卫兵组成“彻底打倒贺龙反党篡军集团联络委员会”，拟于7日召开批斗大会，并要把贺龙揪出来示众，也被周恩来制止。
1月11日，毛泽东出席了由林彪主持的中央政治局会议。徐向前、叶剑英、朱德先后发言。他们对军队内部这种状况忧心忡忡，在发言中一致强调要绝对维护军队的稳定。
对于元帅们的担心和抱怨，毛泽东没有多说什么，他认为乱还是正常现象。在“文革”前夕，毛泽东与汪东兴谈话时就说过：“我们军队里也不那么纯，军队里也有派嘛……不知你们信不信？你们不信我信。我们军队几十年经常有人闹乱子。”可见，毛泽东对军队领导权和内部状况是不满意的。他希望“文革”之火也能烧一烧那些有问题的干部。他后来说过：“对于那些有问题的老干部，我的目的是想烧一烧官僚主义，但不要烧煳了。”军队高级干部当然也在此列。
但毛泽东的本意不是要打倒所有的干部，被打倒的也不希望触及皮肉，而是要“触及灵魂”。在谈到外面有很多有关贺龙的大字报时，毛泽东说，政治局不要公开点贺龙的名，政治局的同志和常委同志不要在公开的场合点他的名，只是要他去登门听取大家的批评，不公开。不要让红卫兵去揪他。但后来毛泽东认为贺龙的问题性质变了，就不再保了。
毛泽东同意改组全军文化革命小组。由徐向前任组长，萧华、杨成武、王新亭、徐立清、关锋、谢镗忠、李曼村等任副组长（3月30日又增补谢富治），江青任小组顾问，组员有叶群、王宏坤等10人。新的全军文化革命小组由中央军委和中央文化革命小组直接领导，不再隶属于总政治部。江青、叶群等凭借自己攫取的干预军队“文化大革命”的权力，在全国煽风点火，刮起了一股反军乱军风。北京、沈阳、昆明、福州、广州、南京、兰州、成都、新疆等军区和各总部、各军兵种的许多负责人遭到揪斗，被逼得东躲西藏。告急的电报、电话纷至沓来，要求叶剑英给以保护。有些无路可走的，直接找到叶剑英住地求救。
大量事实说明，全国13个军区，有7个军区在搞运动。全军157所院校都在搞运动。到处抓“反动路线”的代表人物。目标就是要抓各军区、军兵种的领导人。3个总部，总后瘫痪了，总政几乎瘫痪，总参部分瘫痪。海军瘫痪了，空军瘫痪了。凡瘫痪了的单位，所有的办事机构、会议室、招待所等全部被占领，领导人来一个抓一个。
毛泽东认为，1967年是进行阶级斗争决定性的一年。人民解放军除了自身的运动外，又多了一项任务，就是对大中学校学生进行军训。
局势混乱超出想象，毛泽东不得不让军队“支左”
随着全面夺权的迅速蔓延，它的灾难性后果很快就显露出来：大批党政领导干部被造反派定性为本地区、本部门的“资产阶级代表人物”而停职、罢官；各路造反派为了争权夺利，纷纷拉帮结派，自立山头，乃至发生大规模武斗造成大量流血事件；无政府主义浪潮恶性泛滥，社会陷入一片混乱；由于各级党政机构陷于瘫痪、半瘫痪状态，业务指挥系统失灵，国民经济首先是工业交通损失加剧，面临停顿的危险。
这是毛泽东原来没有料想到的，后来他曾说：“有些事情，我们事先也没有想到。每个机关、每个地方都分成两派，搞大规模武斗，也没有想到。”
面对如此混乱的局势，毛泽东考虑到，要让军队出来，在“文化大革命”中发挥控制局势的作用。
