李作鹏带着“尚方宝剑”来了李作鹏、张秀川动身来海军前，林彪专门召见了他们，并具体交待：你们到海军是加强领导，以后海军的工作，肖（劲光）、苏（振华）他们的做法，你们认为对的就执行，你们认为不对的就不执行。李、张心领神会。
从资历上看，李作鹏堪称典型的“红小鬼”。可令肖劲光没有想到的是，这个打仗时很有点子的人，在政治上更有手腕。此前海军原有的副司令员王宏坤，因工作上的分歧与肖劲光、苏振华有些矛盾。李作鹏到任后，很快便与王宏坤联合在一起。他们一面互相吹捧，一面在海军机关及舰队、基地等各级领导中分线划派。“李作鹏是林副主席信得过的人”很快传遍机关、部队。1963年初，在李作鹏主持下，海军党委通过了《关于坚决执行林彪同志的三条指示，加强海军政治思想工作的决议》，以党委文件的形式，否定了海军此前十几年的工作。一时间弄得海军部队，特别是中、上层领导无所适从，空气异常紧张。在林副主席的“尚方宝剑”面前，肖劲光、苏振华动辄得咎，举步艰难。
林彪的支持，海军形势的发展，使李作鹏一伙头脑越来越热。至1965年，他们再不满意单靠舆论、帮派势力控制部队，而是妄图从组织上解决问题，要名正言顺地掌权。在李作鹏等人的一再坚持下，海军党委常委于1965年3月召开了整风会议。会议由李作鹏主持，议题冠冕堂皇：“集中讨论刘道生同志与党委在一些重大问题上的原则分歧。”
刘道生熟悉海军业务，资历深且年轻，在部队深孚众望，是呼声很高的海军司令员接班人。李作鹏清楚，攫取海军领导权，刘是最大的潜在威胁。整风会以“主要解决刘道生的问题”为题，可谓一箭双雕、用意深远。
整风会在吵吵闹闹中开了20多天，于4月12日结束。由于多数常委不赞成李作鹏等人的意见，他们的计划无法如期实现。但会议作出了一个非同寻常的决定，即向军委上报了《关于海军党委常委分工等问题的报告》。“报告”笼统地提出“军、政工作由肖劲光、苏振华同志全面领导”后，明确规定：“日常军事行政工作由李作鹏负责处理，并建立海军首长集体办公制度，由李作鹏主持”；“改变由党委书记、副书记轮流主持党委日常工作的情况，决定由苏振华、王宏坤主持党委日常工作。如他们不在家或身体不好时，则由李作鹏、杜义德负责”；“今后不提海军党委以肖、苏为核心，而应强调党委是统一和团结的核心”。
这一报告于5月29日得到新军委的批复同意。此后，肖劲光、苏振华再难以主持海军日常工作，副司令员、副书记李作鹏实际上成了海军党委的“核心”。
肖劲光即将被打倒，毛泽东发话了1965年8月6日，海军进行了一次较大的海上作战。南海舰队某水警区部队在福建东山岛兄弟屿附近海面，击沉运载武装特务企图进行登陆袭扰的国民党海军猎潜艇“剑门”号、“章江”号。毙俘敌巡防第二舰队司令胡嘉恒以下官兵200多人。南海舰队参战部队牺牲4人，伤28人。史称“八六”海战。
“八六”海战结束的第二天，李作鹏就亲自跑到作战部队组织“总结经验”。他草草问一下战斗经过，就按照预先想定的路子起草了《海军关于击沉蒋匪“剑门”“章江”两艘战舰经验总结报告》。“报告”完全否定了海军长期以来教育训练的成绩，认为“这次战斗的胜利，再一次证明了突出政治的强大威力。只要突出政治，就有敢于斗争、敢于胜利、不怕牺牲的精神，就能克服一切困难，战胜一切敌人”。
