国民政府从淞沪会战开始就逐步撤离。金陵女子文理学院大部分师生也都撤退到后方，自愿留下来的4名教师和11名职员组成了留守委员会。魏特琳任代理校长。
11月17日，宋美龄将一架陪伴自己多年的钢琴送来金陵女子文理学院，这位第一夫人很快也要离开南京了。11月22日，南京国民政府正式发表《迁都重庆宣言》。
上海在拼死抵抗了3个月后陷落，日军的兵锋直指南京，枪炮声越来越近。
美国大使馆早就一次次召集滞留南京的美国公民，警告他们：再不撤离，以后将无法保证你们的生命安全。但魏特琳每一次都予以拒绝。她向美国大使馆借来一面3米多长的美国国旗，平铺在学校中央的草地上，以保护学校免遭日本飞机轰炸。几天后，魏特琳觉得这面美国国旗太小，又让工人买布制作了一幅10米长的美国国旗。
美国国旗显然不能抵挡炸弹。南京遭遇了长达4个月的疯狂轰炸，魏特琳曾在日记中描述被轰炸后的南京：尽管中央医院和卫生署屋顶漆了一个很大的红十字标志，但仍有16枚炸弹被故意地投在院落里……学院网球场东面礼堂的西墙倒塌，所有的窗户都破碎了。其余有军事、政治意义的轰炸目标更不待言。
美国大使馆的工作人员劝不走魏特琳，就给她送来了几大捆绳子，半是警告半是帮助：“一旦长江上的美国军舰载着大使馆的官员们离开，中国军队关闭城门后，你们唯一的逃生希望就是用绳子结绳梯翻越城墙了。”
12月1日，完成了军事部署的日军当局下令：“攻占南京。”古城金陵，陷入血火。
美国大使馆在12月3日最后一次通知魏特琳，她有3个选择：即刻就走；最后时刻搭乘最后一艘美国军舰撤离；在任何情况下都不走。
她选择了第三项，并在大使馆出示的“无论如何也不离宁”的文件证书上签上了自己的姓名……这已经是她第五次拒绝美国大使馆要她离开南京的要求。她甚至曾致函美国使馆，指出各国使馆这样撤出是很不明智的。
在南京，魏特琳试图保护的并不只是这所美国教会学校。
南京安全区这是一个凄凉的暮秋日子，悲切的秋风整夜都在哀号。对我们这些在南京的人来说，世界仿佛成了悲伤和被人遗弃的地方。
——1937年11月19日《魏特琳日记》
此时，自愿留在南京的，除魏特琳，还有20多位欧美人，多是传教士、教授、医生或商人。他们希望在南京设立一个安全区，为平民提供避难场所。
在南京建立安全区的决定可以说是这些欧美人士一种自发的决定和行为。此前的淞沪会战中，法国神甫雅坎诺(中文名饶家驹)在上海南市建立的安全区救助了20万中国难民。以此为例，留守在南京的欧美人士也计划建立一个安全区，在注定要遭受涂炭的南京提供一个避难场所。
