次日，袁世凯从报纸上看到王治馨的答词非常气愤，说：“措词太不检点，王治馨可恶!赵总理何以任其乱说，说后若无事然，并不声明更正。”(张国淦：《近代史片断的记录》，《近代史资料》总37号，第159页)有的学者也据此认为王治馨出卖了袁世凯，袁世凯将其枪毙掺杂了很多私人恩怨因素，或是别有用心。
王治馨的话，确实让人对凶杀案的主谋者进行猜测。但王治馨说袁世凯并不同意洪述祖提出的“收拾一二人”办法，指出“实属不合”，已经将袁世凯开脱出来。故袁世凯虽然非常气愤，也不过认为王治馨“措词太不检点”而已。若仅凭这一点就断定袁世凯下令枪毙王治馨是进行报复或杀人灭口，恐怕有些武断。
袁世凯想在开创时代就杜绝贪腐
条例并非针对个人
应该看到，袁世凯制定《官吏犯赃治罪条例》的本意，是防止全国大小官吏贪赃枉法，并非专对王治馨个人。对其他赃官，袁世凯照样加以严处。如同年9月17日，他就下令将枉法得赃二千五百元以上的霸县知事刘鼎锡枪毙。1915年2月8日，宣告办理清乡、遇事婪索赃款的广东陆军步兵第二团团长苏汝森死刑，即日执行。同年4月9日，下令缉拿贪官陕西前任财政司长张益谦;批令通缉被控贪赃的湖南常宁县知事刘锡珍。王治馨之所以成为民国初年首个被枪毙的高官，只是因为他自认为在军警界颇有势力，又有强大的后台赵秉钧庇护，肆意妄为，声名恶劣，在众目睽睽的首都北京，很快为肃政史和袁世凯所得知。大理院根据《官吏犯赃治罪条例》第二条的规定判决王治馨死刑没有错，袁世凯下令枪毙王治馨也是以该条例为据，与私人恩怨无关。
在枪毙王治馨的第二天，袁世凯颁发了一道命令，首先说王治馨前曾供差北洋多年，尚称得力。民国成立，历官内务次长、巡警总监，亦有微劳。不意在顺天府尹任内，改行易操，竟有鬻官纳贿情事。其罪既无可宥，未便因其前功足录(编者注：值得记上一笔)，致使国家法律屈而不伸。继而指出：京内京外官吏如王治馨其人者，恐怕还有，“毖后惩前，不可不引为大戒。须知国家之败由于官邪，贿赂公行，阘茸(编者注：音踏荣，低劣无能之辈)竞进，国无不乱。”“如果政以贿成，官以利市，不特薰莸(编者注：音熏犹，香草和臭草)莫辨，曲直混淆，庶政因之堕坏，且长官取诸属吏，即使为数无几，而属吏之倍蓰(编者注：音背西，数倍)取偿于人民者，其受害奚啻数十百家。痛苦之深，何堪言喻。……此等枉法婪赃，比诸盗贼杀人劫财，殆有过之。……现今国势艰危，果令上下一心，孜孜求治，犹虑不足图存。设再贪浊成风，其何以国。记曰：‘大臣法，小臣廉，官职相序(编者注：各得其所)，国之肥也。’而小廉必自大法始。凡尔有位，其共勉之。”(《政府公报·命令》，1914年10月25日)
从这道命令中不难看出，袁世凯是希望吏治廉洁的。在他看来，贿赂公行，政以贿成，官以利市，贪浊成风，国家就要动乱，就要灭亡。那些枉法婪赃的官员对人民所造成的危害，超过了杀人劫财的盗贼。因此，必须按律严惩。只有这样，才能防止官吏贪赃枉法，使国家安定。
