8月18日，根据平政院院长周树模呈请，袁世凯下令将王治馨褫职，并将行贿舞弊的岳魁、潘毓桂、王丙彝等，一并交由司法部，转饬检察厅，依法办理。
首个被枪毙的省级大员
10月21日，司法部呈报，大理院“判决王治馨于委任岳魁署理昌平县知事，枉法得赃逾贯之所为，应照《官吏犯赃治罪条例》第二条处以死刑”。这里所说“枉法得赃逾贯”，即得赃超过一千元，就是王治馨被判决死刑的主要罪状，外间传说的七八万元和肃政史一开始所讲的数万元基本上都未落实。但袁世凯仍据此批令：王治馨着即依法立予枪毙;潘毓桂诈欺取财，处徒刑十二年，褫夺公权全部终身;岳魁行求贿赂，处徒刑五年零六个月，褫夺公权全部八年。(《政府公报·命令》1914年10月23日)不论纳贿行贿，俱都判刑。
10月23日，袁世凯指令总检察厅长罗文干会同步军统领江朝宗监视行刑。江朝宗哭着哀求，袁世凯对他说：“王治馨不杀，予何以行令!尔监决，诘旦复命(编者注：第二天早晨完成任务后汇报)，勿违勿缓。”江朝宗只好忍痛将王治馨枪毙。(袁克文：《辛丙秘苑》，第6页)
民国初年枪毙的省部级腐败大员，王治馨是第一个。此举受到人民称赞。著名记者黄远庸在报道中写道：王治馨被捕审理后，“北京各报大多数以一律最大之字恭刊此项策令，表示其痛快人心之意。盖诚民国成立以来痛快人心之创举也。”(《老新闻》，第186页，天津人民出版社，1998)另有人写道：“凡闻王治馨饮弹而死者，莫不大快于心。”(景岱：《书林拾贝》)
杀人灭口?
而国民党的要人张继却持有不同见解，他始终怀疑袁世凯枪毙得赃仅一千多元的王治馨，与1913年3月20日刺杀国民党代理理事长宋教仁案有关，说王治馨“好言不谨，袁氏疑之，杀人灭口也。”(张国淦：《近代史片断的记录》，《近代史资料》总37号，第160页)原来宋教仁被刺身死后，北京的国民党人在湖广会馆召开追悼大会，要求国务总理赵秉钧到会，赵秉钧未去，派京师警察总监王治馨为代表前往。党员群起质问。王治馨在会上说：“赵(秉钧)、宋(教仁)因政党内阁问题，颇有密切关系。自宋被刺后，获犯应桂馨，搜出证据，牵涉内务部秘书洪述祖，应、洪又有密切关系。因此，袁总统不免疑赵，而赵以洪时往袁府，亦疑袁授意。及前日赵与袁面谈，彼此始坦然无疑。惟袁谓：宋被刺前，洪曾有一次说及总统行政诸多掣肘，皆由反对党政见不同，何不收拾一二人，以警其余?袁答谓：反对者既为政党，则非一二人，故如此办法，实属不合云。现宋果被刺死，难保非洪借此为迎合意旨之媒。唯有极力拿治，以对死者。”(朱宗震、杨光辉编：《民初政争与二次革命》上编，第236-237页，上海人民出版社，1983年)
