历史上医生的悲剧几乎都发生在御医身上，因为社会地位的地下，御医们的性命在他们服务的对象指掌之间，不说诊治略有差池，就是应对稍有不慎都可能获罪。如战国时文挚以情志法（激怒）治齐闵王而被生烹，三国时华佗因见疑于曹操而丧命，前秦太医令程延直言前秦主符生食枣过多致病而杀身。其余，历代帝后驾崩，除非遗诏中有不须加罪之语，否则无论御医诊治是否有过均被处置是一种惯例。
因为清朝距今时间更近，史料更加详尽，通过这些，可以从清朝太医院一窥古代太医院的运作，以及它的种种不为人知的故事。
清朝，属于外族入主中原，正统性一直被人数庞大的汉族所质疑。清朝初期，政局不稳，统治者为了更好维护稳定，只能依靠自己民族的官员。所以，太医院中满汉官员之间不平等很严重。不仅表现在品级差距，还表现在主管官员一直以满人为主。康熙年间，全国政局已经逐渐稳定，康熙为了缓和民族矛盾，促进民族团结，维护政权的长治久安，提出“满汉一体”的主张，将太医院官员体制变成满汉官员共同执掌。不过，乾隆年间，重新设置满人为太医院最高的长官。直到乾隆五十八年才撤销，从此之后，太医院各级官员统统变为汉人担任。虽然偶尔也有满人充任，那也没有为了监督汉族官员而专设的作用了。
太医院的“院长”主官称为“院使”。他是太医院中行政和业务的主管。同时又设置“副院长”两名。称为左、右院判。下面设置御医，吏目十到十五人。再下，则又有低级办事人员、书记员（称为食粮医生），药剂师（切造医生）等四十到六十多人。
太医院的官员品级，历朝都有差异。清朝时，“院长”级别的“院使”为正五品，“副院长”级别的左、右院判正六品，御医为正八品，办事人员一般为从九品。
清朝正五品俸禄为一年2400两纹银，有人算过，相当于现在46万人民币。这个收入应该不算低了。
清朝初年的太医院沿用明朝时留下来的体制。有大小方脉、伤寒、妇人、针灸、正骨等等十一科。道光年间，有人提出，“针刺火灸究非奉君之所宜”，便废止了针灸科。现在看来，理由多少有些滑稽，常识判断，皇帝健康应该远胜于纲常礼法，难道觉得浑身针刺带来的不庄重，有损皇帝威严更甚于治病救人？当然也有可能出于安全考虑，害怕包藏祸心的御医暗中用针刺火灸暗害，也未可知。
