传统儒家思想的核心是仁、义、礼、乐（这是按照先秦时期的儒家思想来说的，不针对后来经过发展和改良的儒家观念，比如程朱理学和心学等等）。仁者爱人，就是说要敬爱身边的人；义者宜也，就是处在什么位置上的人就要做在这个位置上应该做的事情，说白了就是履行你该履行的社会责任，比如农民就应该好好种地，子女就应该孝敬父母，臣子就应该忠君爱国，所谓“君君臣臣父父子子”，说的就是这种君臣之义，父子之义；礼是祭祀和礼仪，用来规定和明确封建社会秩序；乐和礼息息相关，也是用来传播教化和规范等级的。从以上的论述就可以看出，儒家思想的根本就是要创建并且维护一种等级森严的封建社会秩序，并且其中也给人（主要是士人）提供了一条上升通道，即所谓“修身齐家治国平天下”。
但是儒家思想仅仅是宣扬德治，而没有法治，说白了就是，它仅仅是从道德层面上告诉你作为这个社会的一份子，应该要怎样做，而没有说如果你不这样做，我会怎么惩罚你。重视德治和人治，没有法治，这应该就是儒家思想最大的缺点。这个缺点遗传了几千年，直到今天还有很深的影响。
第二个主要的缺点应该是儒家思想有固步自封、墨守成规的传统，这一传统是从孔子那里就开始的。孔子法先王，从周礼，他的思想有很浓重的复古倾向。不重视或者说是抵制创新思想，这对于一个民族的发展是非常不利的。
第三个主要的缺点是鄙视劳动。孔子本人就说过“君子远庖厨”，而实际上他也是“四体不勤五谷不分”的，知识分子脱离生产实践，那就完全谈不上发展科技。这也是造成中国古代科学发展极其缓慢的一个重要原因。
我认为大体上就是这三个明显的缺点吧。至于所谓重农抑商，这不是儒家思想的缺点，比如法家和其他一些主流学说，都是重农抑商的。这在以农业为立国之本的中国封建社会，甚至根本就不能算是缺点，因为只有这样才能保证国家的稳定和长治久安，这是适应当时生产力发展要求和中国国情的。
儒学的一些主要的负面的思想主张:
1.“天人感应”，“君权神授”
2.“明贵贱，辨等列，顺少长，习威仪”等级秩序，主张“尊卑贵贱，不逾行次”，把实行严格的等级制看作是维护封建统治秩序的法宝。
3.“倡导贤人政治，宣扬以德治国”。
4.“学而优则仕”。
5.“三纲五常”为核心的社会伦理。
6.“中庸之道”的基本价值取向。
7.“家国一体”，把国当作家的放大。
