土著印第安人是帝国的基本居民。在如何对待印第安人的问题上，出现了两种不同的意见。征服者及其后代主张实行以强迫印第安人劳动为基础的地方领主统治。但强大的天主教会反对，著名的多明我会的修道土拉斯·卡萨斯宣称印第安人也是国王的臣民，应享有西班牙臣民的权利，欧洲人应该自食其力。结果建立了一种折中的制度：地方殖民当局有权向印第安人的村庄定期抽取贡税，并可在付给相应工资的条件下强迫印第安人服徭役。1500—1650年间从美洲流到西班牙的金银多得令人咋舌：16000吨白银，180吨黄金。
在西属殖民地，畜牧业和农业发展起来。大牧场使用印第安人劳动，他们实际沦为农奴。大种植园生产单一农作物，使用的是从非洲贩运来的黑人奴隶。
西班牙一开始就对美洲实行杀鸡取卵的短视政策，贪婪搜刮美洲的金银财富。
西班牙国内工业落后，加上航运业落后，结果导致荷、英国两国经济势力向西属美洲殖民地的渗透。荷英这两个工业及航运业都日趋发达的国家，不但用自己的船只把自己的工业品向西属美洲殖民地输出，而且几乎垄断西属美洲工业品的进口。
西班牙和葡萄牙早期殖民政策的差异？
西班牙和葡萄牙最早走上殖民主义道路。经过殖民掠夺，西班牙几乎独占美洲，建立新大陆殖民帝国；葡萄牙的势力范围包括非洲和亚洲的大部分地区，建立东方殖民帝国。他们在残酷屠杀殖民地人民、掠夺殖民地财富等方面是共同的。但其殖民政策也存有不同之处：
1、葡萄牙在非洲掠夺殖民地的重要手段是搞欺骗性贸易。他们从欧洲运来能大量生产的工业品高价卖给当地居民，然后强制用低价购买当地的贵重物品运回欧洲，从中获得数倍至数十倍的高额利润。此外，葡萄牙把掠夺和贩卖奴隶作为牟取暴利的重要手段。在亚洲，葡萄牙人实行“炮舰政策”，攻占一个地方后作为掠夺殖民地的桥头堡，采用控制海运点的办法垄断印度洋贸易，从此垄断了东方的贸易。
2、西班牙对美洲的政策则是着眼于维护殖民统治。政治上，它在本土和殖民地建立一整套机构，加强对殖民地的控制；还设立天主教会加强对殖民地人民的精神奴役。经济上，他们建立大地产和种植园或开办矿山，强制印第安人和黑人耕种土地和开采矿石，对他们进行残酷的剥削。
