教廷随即做出妥协，取消了耶稣会在葡萄牙的诸多特权。“得势”之后的庞巴尔还要对耶稣会“赶尽杀绝”。1758年，里斯本开始盛传“国王要被暗杀”的流言，一些线索指向了葡萄牙耶稣会。庞巴尔侯爵随即逮捕以马拉格里达为首的13名耶稣会高层。次年，国王颁诏，宣布所有耶稣会士都是罪犯，并将其驱逐出境。
一番“大清洗”之后，连曾经在欧洲肆无忌惮的“宗教法庭”都不得不向葡萄牙国王低头。1761年，马拉格里达被判罪为异教徒，半年后即被处死，刑罚则是这些耶稣会教士再熟悉不过的火刑。只不过，这次的火烧到了自己的身上。
马拉格里达被执行火刑
马拉格里达的死并非是这一事件的结束，而是一个“正式的开始”——代表着教权的耶稣会开始被各国打压。1764年，法国宣布驱逐耶稣会；1767年，西班牙解散耶稣会；1768年，亚平宁半岛上的帕尔马及那不勒斯和西西里王国也做出行动。1769年，法国、西班牙等国大使联合出面，要求教皇彻底取缔耶稣会，否则这些国家将不再接受罗马教廷管辖。
权衡利害之后，教皇克雷芒十三世被迫妥协。然而就在他正式宣布取缔耶稣会的前一晚，教皇离奇死亡。继任的克雷芒十四世也顶不住各国的压力，终于在1773年彻底取缔了耶稣会。教会的权力再一次遭受严重打击。不过，克雷芒十四世在次年就去世了，坊间传闻他被耶稣会士暗杀。直到1814年，耶稣会才重新被罗马天主教廷认可。
