刘备以前后左右四大将军安排主要将领，基本沿袭汉制。另，以尚书令辅佐军师理政，处理日常政务，符合魏晋官制发展的规律。同时，出镇军事要地的制度初步成形。对曹魏军事斗争的前沿汉中，由加将军称号的汉中太守魏延出镇。这一格局日后稍有修补。关羽败亡后，李严于公元227年（建兴四年），“转为前将军”，以补关羽空缺。刘琰“班位每亚于李严，为卫尉中军师后将军”，公元221年（章武元年），刘备在成都称帝，国号汉，“以诸葛亮为丞相，许靖为司徒”。蜀汉一方面接受汉末曹操霸府政治以丞相总揽朝政的现实，另方面仍然以汉制三公之一的司徒作为处理日常政务的最高辅政官员。同时设立丞相和司徒，实现了恢复传统与尊重现实之间的平衡。司徒的决策地位远远逊于丞相，只能作为丞相的助手行使行政执行权。在诸葛亮担任丞相期间，如同曹操霸府一样，许多日后的重要官员都有过在丞相府担任掾员的经历。如姜维曾被诸葛亮“辟为仓曹掾，使典军事”。
公元224年（建兴元年），后主刘禅即位，“封诸葛亮为武乡侯，领益州牧，政事巨无细，咸决于亮”。另一位受刘备遗诏辅佐幼主的李严被任命为中都护，留镇永安。公元223年（章武三年）中都护近似中书。或许刘备只希望诸葛亮主持朝政决策军政大事，仍然试图为后主日后亲政留下一定自由空间。李严便被委任这一角色，以区别外廷与内廷的差别。但李严因操办北伐军粮渎职而被诸葛亮弹劾罢官，破坏了刘备的这一安排。只是诸葛亮一心辅佐汉室，全无私心，蜀汉才无曹操霸府转化为曹丕篡汉之虞。
诸葛亮死后，刘禅不设立丞相。以费祎为尚书令和大将军，以蒋琬为大司马，两人的权力相互交叉，相互牵制，但又各有侧重。蒋琬以管政务为主，兼管军事；费祎以管军事为主，兼管政务，军政及内政大权不再同一人一把抓。这种新的政治格局安排，意味着刘禅决不允许再次出现事无巨细，皆决于丞相一人，而自己则大权旁落的尴尬局面。蒋琬死后，刘禅更进一步“自摄国事”。任官封爵，人事任免，出兵征讨，都要刘禅同意，刘禅总统一切，直接掌管蜀汉政权达19年之久。
