耶稣会的衰亡
地震发生后，葡萄牙几乎到了崩溃的边缘。葡萄牙国王若泽一世火速拔擢自己的亲信、曾担任驻英国和驻奥地利大使的“铁腕政客”卡瓦略-梅洛担任首相，并主持震后重建工作。这位卡瓦略-梅洛首相就是随后扬名欧洲的庞巴尔侯爵。
庞巴尔侯爵在欧洲历史上也是一位颇受争议的政治家。一方面他是领导里斯本重建，让葡萄牙短暂复兴的“葡萄牙启蒙运动之父”，另一方面他也是把持朝政，大权独揽的葡萄牙“独裁者”。
不过，庞巴尔侯爵在灾后重建工作中进行的并不顺利。最主要的原因就是葡萄牙天主教会的阻碍。
葡萄牙是欧洲天主教势力的重镇，时至今日，葡萄牙八成以上的人口仍信奉天主教。由于大地震恰好发生于宗教节日万圣节当日，葡萄牙的天主教势力随即宣称这是上帝对葡萄牙的警告。宣扬这种思想的人里，最有影响力的就是葡萄牙耶稣会元老马拉格里达。
提起耶稣会，可能很多人并不会对其感到陌生。耶稣会是天主教最主要的男修会之一，该会的教士大多都是学者，在中国历史上留有一席之地的利玛窦、汤若望、南怀仁、郎世宁等传教士都是耶稣会的成员。但耶稣会最早是为了抵抗欧洲宗教改革而成立的，他们的做事风格颇受争议，而且屡屡对世俗权力相冲突。在欧洲很多的天主教国家，耶稣会在后期都成为主要的打击对象。
1756年，马拉格里拉发表《一种看法：这场大地震的真正起因》，宣称震后重建工作是“违背上帝旨意”，会招致更大的灾难。此文一出，里斯本的重建工作变得更加艰难。庞巴尔侯爵的政敌们也联合天主教势力对其大加批判。
曾出使英国和奥地利，深受启蒙思想和改革精神熏陶的庞巴尔侯爵很早就知道以耶稣会为代表的天主教势力是葡萄牙发展的阻碍。因此，他也借此机会打算彻底压制国内的宗教势力。一方面，他命令学者们证明地震并非是“上帝的惩罚”;另一方面，他暗中派遣堂弟奔赴梵蒂冈“告状”——耶稣会贪婪无度，甚至要打造“独立王国”，与教廷分庭抗礼。
